1962년 3월에 설립되었다. 초대소장은 김동화(金東華)이다. 설립 당시에는 불교문화연구소라 하였으나 1983년 2월 기구를 확장하고 현재의 명칭으로 바꾸어, 학술지발간, 연구용역의 수행, 학술세미나 개최 등 본격적인 활동을 전개하고 있다.
2000년 현재 불교문화연구부 · 선학연구부 · 불교미술 및 불교문화재연구부 · 사찰음식연구부의 4개부서를 두고, 연구위원 12명, 편집위원 6명, 연구원 4명으로 구성되어 있으며, 소장도서는 정기간행물 50종, 단행본 10,000여 권을 확보하고 있다.
주요사업으로는 연례학술연구발표회 및 해외불교학자 초빙세미나와 학술지발간 등이 있는데, 설립 이래 2000년 현재까지 33회의 불교학술세미나와 5차에 걸친 해외학자와의 공동학술세미나를 가졌으며, 13차에 걸친 사찰자료 및 문화재(현, 국가유산) 조사, 그리고 10회의 각종 전시회를 개최하였다.
1963년 이후≪불교학보≫를 연간으로 간행하여 현재까지 36집이 발간되었으며, 단행본으로는 ≪불교의 국가정치사상연구≫ · ≪한국불교찬술문헌총록≫ · ≪해외문헌초 한국불교자료≫ · ≪조선왕조실록 불교사료집≫(제1차 13권) 등을 간행하였다.
한편 1982년부터 한국불교사상을 집약정리하기 위한 연구사업의 일환으로 ≪한국화엄사상연구≫ · ≪한국천태사상연구≫ · ≪한국불교사상사개관≫ 등 8권의 연구서를 연차적으로 간행하였는데, 여기에는 <삼국유사에 보이는 화엄사상> · <대각국사 의천의 천태종개립> · <한국 선(禪)의 위치와 전망> 등 총 100여 편의 연구논문이 수록되어 있다.
또한 한국불교의 국제화를 위한 기초작업으로서 1993년≪The History and Culture of Buddhism in Korea≫, 1994년에는 ≪Buddhist Thought in Korea≫, 1995년에는 중국어판 ≪韓國佛敎思想史槪觀≫, 1997년에는 ≪Sŏn Thought in Korean Buddhism≫, 1999에는≪Ch‘ŏn-tae Thought in Korean Buddhism≫을 간행하는 등 한국불교를 해외에 알리는 일에 힘을 기울이고 있다.
국내의 각 대학 인문 · 사회분야 연구소와 일본 동경대학 동양문화연구소 등 20여개 해외 학술기관과 자료교환을 하고 있으며, 연구과제비를 포함한 운영비는 연간 약 8,000만원이 소요되는데 이를 자체조달로 충당하고 있다.
앞으로 한국불교 인명 · 서명 · 사찰 · 교단 · 의례 · 교리 · 역사 등 한국불교문화 전반에 걸친 다양한 표제어를 수록한 ≪한국불교문화사전≫을 한글판과 영문판으로 간행할 것이며, 불교적 사유방식의 현대화를 위한 노력으로 ≪미래와 불교≫라는 무크지를 계획하고 있다.
이와함께 불교학 연구의 가장 중요한 기초작업의 일환으로서 충실하고 정확한 원전 번역 작업을 시작하였다. 따라서 그에 따른 전문번역위원이 위촉되였고, 산스크리트어, 팔리어, 티벳어, 한문 등 번역될 원전이 선정되어 작업에 착수하였다.