주굴(主窟) 8,928m, 총길이 1만685m 중 현재 확인된 길이는 7,400여m. 1962년 천연기념물로 지정되었으며, 동굴의 입구는 총 3개로 되어 있다.
만장굴은 그 밑에 계속되는 김녕의 사굴(蛇窟)과 해안까지 연장되는 김녕절굴, 그리고 전체 끝부분의 굴까지가 동일용암동굴계임이 1981년한국동굴학회와 일본동굴협회의 합동학술조사에 의하여 확인되었고, 이듬해 6월에는 국제화산동굴학회에서 공인받았다.
지층은 신생대(新生代) 제3기말에서 제4기초에 걸친 화산활동의 분출로 형성된 덕천리 알칼리현무암 (표선리현무암층, 침상장석감람석현무암, 산흘리현무암) 용암층에서 형성된 동굴로 되어 있다. 단일 용암동굴로는 세계 제4위이고, 용암동굴계로는 세계에서 가장 긴 동굴이다.
높이 7.6m에 달하는 용암교(熔岩橋)ㆍ용암선반〔熔岩棚, 승상용암 등 다양한 동굴 미지형을 보여주고 있으며, 용암주(熔岩柱), 77㎝의 용암종유(熔岩鐘乳), 거북바위라 불리는 많은 대형 용암구(熔岩球)와 용암 산호 등은 동굴퇴적물로서 다양하고 훌륭한 발달을 보여주고 있다.
제주시가 운영하고 있는 우리나라 제일의 관광동굴로, 제2입구에서 제3입구 사이 1km 구간이 관광동굴로 개발되어 있고, 제3입구에는 철제 사다리를 설치했던 콘크리트 구조물이 남아있다. 일부 구간 외에는 점토, 토양, 유기물의 유입과 퇴적이 극히 적어 동굴의 규모와 환경에 비해서는 생물상은 빈약한 편이지만 제3입구 상층부의 공동은 대규모 박쥐 서식처로서 중요시된다.
대한민국 정부와 제주특별자치도가 5년간의 학술조사와 자료수집단계를 거쳐, 2006년 1월 제주자연유산인 한라산 천연보호구역, 거문오름용암동굴계(거문오름, 벵뒤굴, 만장굴, 김녕굴, 용천동굴, 당처물동굴), 성산일출봉 3개 유산지구를 『제주 화산섬과 용암동굴』이라는 주제아래 연속유산으로 유네스코 세계자연유산으로 등재신청을 하였고, 2007년 제31차 세계유산위원회에서 유네스코 세계자연유산으로 등재되었다.