1907년 4월에 공립 동래보통학교로 설립되었다. 수업연한은 4년이며, 1910년 3월에 제1회 졸업생 20명을 배출하였다.
1911년에 동래공립보통학교로 개칭되었고, 1912년에는 여학생의 교육을 위한 여자부를 설치, 운영하였다. 1924년에 수업연한을 6년으로 연장하고 교명을 동래제1공립보통학교로 개칭하였으며, 1925년에 여자부를 동래 제2공립보통학교로 분리하였다.
1938년에 동래심상소학교, 1941년에 복정공립국민학교(福町公立國民學校)로 개칭되었다가 광복과 더불어 부산내성국민학교로 교명을 정하였다. 1996년 내성초등학교로 교명이 변경되었다.
2008년 3월 현재 특수학교 2학급을 포함하여 25학급에 재학생 612명, 교원 33명이며 졸업생은 98회 총 3만 2155명을 배출하였다.
교육목표는 ‘착하고 튼튼하며 창의적인 어린이를 기른다’라는 교육목표 아래 실천위주의 인성교육 강화, 기초체력강화 운동 실시, 기초 논술력 향상에 교육력을 모으고 있다. 특색사업으로는 ‘독서체험 활동을 통한 자기주도적 학습력 강화’와 ‘영어체험 활동을 통한 영어 백배 즐기기’를 운영하고 있다. 역점사업으로는 ‘교실수업 개선을 위한 수업전문가 만들기’를 시행하고 있다.
1963년에 부산시 교육위원회 지정 예절생활연구학교로 지정된 것을 비롯하여 1968년에 학습원 시범학교로, 1975년에 문교부로부터 체육연구학교로, 1998년에는 부산시 교육청 지정 체육활동 시범학교로 지정되는 등 역사와 전통, 예절을 중요시하고 어린이들의 학교체육 분야에서도 많은 활약을 하고 있다.
2001년에는 학습부진아 자율시범학교와 2004년에는 교실수업개선 중심학교를 운영하였으며, 2008년에는 교육실습지정협력학교에 선정되었다.