1877년(고종 14) 2월 일제가 우리 나라 침략의 전초지였던 부산에 그들의 거류민을 진료하기 위하여 일본 해군성에서 건립한 관립 제생의원을 시작으로 1914년 4월 부산부립병원으로 재발족하였다.
광복 후 1947년 7월 부산시립병원으로 개칭되었다가 부산대학교 의과대학 부속병원으로 지정되었으나, 6·25전쟁과 함께 육군병원으로 사용되어 의과대학 개교 후에도 개원하지 못하였다. 그러던 중 1956년 11월 시설을 이관받아 개원하였다.
1972년 10월 본관 신축공사에 착수하여 1978년 12월 준공하였으며, 1979년 9월 개관함으로써 명실공히 종합대학 병원으로서 면모를 갖추게 되었다.
1982년 9월 치과대학 신축 및 부속병원 증축 공사를 착공, 1986년 4월 준공하였으며, 1988년 2월 대통령령에 의해 부산대학교병원으로 개칭하여 오늘에 이르고 있다. 이후 1994년에는 국립대학교병원설치법에 의거, 법인병원으로 운영체제를 전면 개편하게 되었다.
1998년 12월에는 총 807병상을 운영하였으며, 진료과는 내과·일반외과·재활의학과 등 23개 진료과, 구강악안면외과·소아치과 등 치과계 8개 진료과 등 총 31개 전문 진료과를 개설하였다.
1998년 당시 임상교수 131명, 전공의 343명, 일반직 535명, 원무직 190명, 일용직 및 기타 직원 28명 등 총 1,200여 명이 의료 지원에 헌신하여 1일 평균 외래환자 2,100여 명, 입원환자 750여 명을 진료하였다.
2001년 부산대학교병원 응급의료센터가 완공된 후 명실공히 최상의 의료 지원을 위한 국립 대학교병원으로서의 면모를 갖추게 되었다. 한편 부산대학교 양산캠퍼스에 2009년 양산부산대학교병원이 신설됨으로써 의료지원 규모를 확충하였다. 부산대학교병원은 현재 부산광역시 서구 구덕로 179(아미동1가 10-1)에 있다.