1938년 3월 부산 남구 광안리에서 1년제 동래공립농업전수학교로 설립되었다. 1942년 4월에 수업연한 3년의 동래공립원예전수학교로 개편하고 동래구 금강로(온천동)으로 교사를 이전하였다.
1945년 4월 부산공립원예전수학교로 일시 교명을 바꾸었다가 같은 해 12월에 4년제 부산공립원예중학교로 개편되었으며, 1947년 9월에 현재의 위치로 교사를 신축·이전하였다.
1949년 9월 6년제의 부산원예중학교로 개편되어 원예과, 축산과 각각 2학급씩을 모집하였다. 1950년 5월에는 학제 개편에 따라 3년제 부산원예고등학교로 인가되었으며, 1953년 5월에 6학급의 중학교를 병설하였다가 1969년에 분리, 내성중학교로 교명을 변경하고 이듬해 2월에 교사를 이전하였다.
1969년 12월 농공병진책에 따라 부산실업고등학교로 개편되어 원예과·응용화학과·전자과·자동차과를 두었고 1973년에 통신설비과를 증설하였다. 1970년 3월에는 공업중학교를 병설하였다가 4회에 걸쳐 졸업생 509명을 배출하고 1976년에 폐교되었다.
1974년 3월 동래공업고등학교로 교명을 변경하고 기계과를 증설하였으며, 1978년 문교부지정 특성화공업고등학교로 선정되어 부산전자공업고등학교로 개편하고 정보기술과를 신설하였다.
1978년 3월과 1986년 9월에는 교육부 지정 시범학교를 운영 발표하였으며, 1982년 3월에는 교육부지정 전국 공고 컴퓨터담당교원 연수원을 설치하였다. 1992년 3월에는 부산직할시 공업계 고등학교 전자계열 공동실습소를 운영하였으며, 1997년 6월 정보통신부지정 정보 통신 분야 특성화 우수학교로 지정되었다. 2008년 3월에는 국방부 지원 정보통신, 궤도장비 분야 군특성화고등학교를 운영하고 있으며, 교육과학기술부지정 군특성화 연구학교를 운영하고 있다.
2008년 현재 학년별 전자정보과 6학급, 전자 시스템학과 12학급, 전자통신과 10학급, 전자계산기과 2학급, 기계자동차과 6학급, 자동차과 2학급 등 총 45개 재학생 1,260명이며, 교직원은 120명이다. 졸업생은 65회에 총 3만 5,720명을 배출하였다.
교훈은 ‘성실·근면·협동’으로 되어 있고, ‘21세기 정보화 사회에 능동적으로 적응할 수 있는 창의력과 덕성을 갖춘 유능한 기술인을 육성한다’는 목표 아래 인간존중을 지향하는 민주시민의 자질향상과 지식기반사회에 능동적으로 대처할 수 있는 기술인 육성, 교육의 질향상을 위한 전문성 및 자율성 신장을 위해노력하고 있다.
특색사업으로는 군특성화 고등학교 지원사업을 통한 인력 양성, 취업지원기능 확충을 통한 직업진로정보의 극대화, 좌우명 교육 지속 및 내실화, 맞춤형 학생생활지도 시스템(파이팅 프로젝특) 운영, 친한 친구 교실의 운영으로 인성교육과 기술 교육이 조화된 학생을 육성하기 위해 노력하고 있다.