가장 넓은 의미로는 모든 4급 공무원을, 넓은 의미로는 4급 공무원 중 행정직의 서기관·감사관과 4급 지방공무원인 지방서기관을, 가장 좁은 의미로는 행정직렬의 4급 국가공무원인 서기관만을 말한다.
서기관은 5급공무원으로 4년 이상 재직한 자 중에서 승진임용하나, 예외적으로 공무원이 아닌 자를 특별채용시험에 의하여 신규임명하는 경우도 있다. 서기관이라는 명칭은 1894년(고종 31)의 직제에서 경무청에 서기관을 두도록 한 것이 처음이다.
그 뒤 서기관이라는 직급은 일제강점기에도 사용되었으나 3·1운동 후 폐지되었다가, 정부수립 후 1948년 11월 <인사사무처리규정>에 의하여 다시 사용되었다.
1961년 12월 <공무원임용령>의 개정에 의하여 종전의 서기관은 업무분야별로 행정서기관·노동서기관·후생서기관·검찰청서기관 및 운수서기관으로 세분된 뒤, 몇 차례에 걸친 업무분야별 서기관의 직급명칭 변경이 있었다.
지방공무원의 경우 1963년 12월 <지방공무원임용령>에 의하여 지방행정서기관과 지방재경서기관이 설정되었다가, 1971년 4월 <지방공무원임용령>의 개정으로 지방서기관으로 통합되었다. 인구 10만명 미만 시의 부시장, 일반구 구청장(청주시, 전주시 등), 특별시 및 광역시 자치구의 부구청장, 군지역의 부군수 등의 보직을 맡는다.
서기관도 그 직위에 따라 그 직무가 다르나, 중앙행정기관에서는 과장의 직위를 맡거나, 지방 중소기업청장, 세무서장·지방고용노동청 지청장 등 일선 행정기관의 기관장이나 광역시 지방국세청·지방고용노동청 등의 국장급 직위를 맡는다.