1929년 3월 지금의 국립의료원 자리에 부민병원(府民病院)으로 설립, 1957년 5월 지금의 위치로 이전하면서 시립동부병원으로 명칭을 바꾸었다가 현재 서울특별시 동부병원으로 개칭되었다. 200병상 규모에 16개 진료과목, 250명의 직원이 근무하고 있는 이 병원은, 서울특별시에서 운영하는 인턴 및 레지던트 수련병원으로서 다수의 전문의를 배출하고 있다.
1999년 1년 동안 외래환자 연인원 5만 3,052명, 입원환자 실인원 3만 5,196명, 종합건강진단인원 37명, 신체검사인원 7,106명의 진료를 담당하였다.
1,2종 의료보호환자를 구청·보건소와 연계, 유치하고, 행려환자 및 노숙자 전문진료 병원으로서 행려보호시설 환자를 은평의 마을과 협의하여 유치하고 있다.
행려환자 대부분이 알콜중독과 약물복용 환자로 세심한 관심과 주의가 요구되어 방사선 특수촬영기 및 최신 의료첨단기기를 저렴한 비용으로 가동하여 영세서민환자들의 부담을 덜어주고 있다.
산업문명사회의 발달과 의식주수준의 향상으로 급격히 증가추세에 있는 성인병 조기발견과 진단을 위하여 종합건강진단센터에 최신의료장비를 구비하고, 많은 항목의 건강진단을 집중 실시함으로써 질환을 종합적으로 판정할 수 있도록 하였다. 건강진단도 일반서민의 이용편의를 도모하기 위하여 저렴한 비용으로 봉사하고 있다.