각급기관의 장이 국가정보원장에게 신원조사를 요청하는 형식으로 진행한다. 신원조사의 대상은 〈보안업무규정〉 제36조 ③항에서 규정한 인원으로 한정된다. 예컨대 1. 국가안전보장에 한정된 국가 기밀을 취급하는 직위에 임용될 공무원 임용 예정자, 2. 비밀취급 인가 예정자, 3. 국가보안시설 · 보호장비를 관리하는 기관 등의 장 및 해당 관리 업무를 수행하는 소속 직원, 4. 그 밖에 다른 법령에서 정하는 사람이나 각급기관의 장이 국가안전보장을 위하여 필요하다고 인정하는 사람 등이다.
공무원으로 하여금 충성규범을 준수하도록 하는 활동 가운데 하나가 보안활동이며 이러한 보안활동의 한 수단이 충성심사라는 점에서 신원조사는 중요한 의미를 가진다. 신원조사는 각급기관의 임용절차를 통하여 또는 임용제청권자가 주관하되, 자료조사는 수사기관에 의뢰한다.
임용예정자가 신원진술서를 작성하여 제출하면 각급기관의 장은 이를 수사기관에 보내 그 진실여부와 추가적인 사실의 유무를 조사하도록 요청한다. 국가정보원장은 신원조사 결과 국가안전보장에 해를 끼칠 정보가 있음이 확인된 사람에 대해서는 관계 기관의 장에게 그 사실을 통보하여야 하고, 회보를 받은 관계 기관의 장은 신원조사의 결과에 따라 필요한 보안대책을 마련하여야 한다.
우리나라의 신원조사 제도가 안고 있는 문제점으로는 심사기준 또는 최저 자격기준이 모호하고 심사의 공평성을 잃을 염려가 있다는 점, 심사 · 판정이 비밀리에 이루어지기 때문에 억울한 사람이 이의를 제기하지 못한다는 점 등이 지적되고 있다.