정면 3칸, 측면 3칸의 맞배지붕건물. 1985년 전라남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 쌍계사는 신라 문성왕 때 도선국사(道詵國師)에 의해 세워진 고찰로 전해지고 있다.
사역(寺域)은 경사진 지형을 3단으로 정지하여 첫째 단에 해탈문(解脫門)과 셋째 단에 대웅전이 동서축을 이루며 배치되어 있다. 대웅전의 건립 시기는 1982년 대웅전의 지붕을 보수할 때 발견된 상량문(上樑文)의 기록으로 1697년(숙종 23)으로 밝혀졌다.
서향으로 배치된 대웅전의 기단은 약 1m 높이의 막돌허튼층쌓기로 되었으며 초석은 덤벙주초를 놓고 그 위에 민흘림의 원주를 세웠다. 기둥머리는 창방(昌枋)으로 결구하고 평방(平枋)을 얹었으며, 평방 위 주두(柱頭) 위에는 공포를 짜고 있다.
전면 양쪽의 모서리기둥[隅柱]머리에는 용두(龍頭)조각으로 장식하였으며, 그 상부에는 평방(平枋)을 뺄목으로 하여 十자로 교차시켰다. 공포는 중앙간에 2구의 주간포(柱間包), 양 협간(夾間)에 1구의 주간포를 놓은 내외 삼출목의 다포(多包)양식이다.
외부로 뻗은 살미첨차 끝에는 예리한 앙서[仰舌]로, 내부는 연봉(蓮峰)으로 처리하였다. 또 외부 첨차의 소로 밑면에는 연봉이 받치고 있다. 첨차형식에서 특이한 것은 주로 석탑건축 기단부에서 처리되고 있는 안상(眼象) 형태이다.
가구는 평방 위에 대들보를 걸었으며, 도리는 내외목도리와 중도리(中道里)를 받게 하고 고주(高柱)를 양편에 세워 중도리를 받게 하였고, 종보[宗樑]위로 짧은 동자주를 세워 종도리를 얹은 5량구조이다. 창호는 중앙간에 빗살 4분합문을 달고 양 협간에는 띠살 3분합문을 달았다. 천장은 우물천장이며 내부바닥은 장마루를 깔았다.