1990년 전라남도 기념물로 지정되었다. 국립문화재연구소(현, 국립문화유산연구원)가 1989∼1990년 완도군청의 대행으로 2차에 걸쳐 발굴조사하였다. 발굴조사의 목적은 통일신라시대에 동아시아 해상권을 제패하였던 장보고의 해상왕국 기지인 장도 청해진(淸海鎭) 유적과 관련된 곳으로 전해지는 법화사지를 정비 복원하고자 사전 발굴조사를 실시하여 학술적 고증자료를 삼고 유적을 정비하여 사회교육 도장으로 활용하려는 데 있다.
장보고는 당(唐)나라에서 활약하던 시절 무령군(武寧軍) 소장(小將)으로 그 위품을 떨치게 된 것이 천태산(天台山)의 영기(靈氣)를 받아서였다고 믿고 불교에 귀의(歸衣)하여 등주(登州) 문등현(文登縣) 적산포(赤山浦)에 적산(赤山) 법화원(法華院)을 세우고 자신의 본거지에 청해진을, 제주도에는 법화사를 창건하였다고 한다.
《신증동국여지승람》 권37 〈강진현 고적 법화암조 康津縣古蹟法華菴條〉에 나타난 지형적 조건이 현 조사 지역과 일치할 뿐만 아니라 완도 주민들 사이에 오래전부터 구전되어 온 것을 토대로 조사를 착수하였다. 그에 따라 6개소의 건물터가 확인되었는데, 그중 3개소는 건물의 기단이나 초석 등 유구가 잘 남아 있고, 특히 승방이 있던 자리로 추정되는 건물터에서 아궁이시설 등 흥미있는 유구가 뚜렷하게 노출되었다.
이번 조사에서 출토된 주요 유물 가운데 당초문(唐草文) 암막새가 짝을 이루고 출토된 것은 희귀한 예여서, 이 절 자체가 대단히 중요한 사찰이었을 가능성을 높여 주고 있다. 그 밖에 명문 기와조각에 ‘…統3年 癸…銘文(…통3년 발…명문)’ 이라고 한 것 외에 문양은 보이지 않으며, 연호 좌측에 또 다른 자체(字體)가 있으나 분명치 않다.
연호 ‘건통3년(乾統三年) 계미(癸未)’는 중국 요(遼) 천조제(天祚帝) 3년, 1103년(고려 숙종 8)으로 판단되나, 금(金)나라 희종(熙宗) 3년이 ‘황통3년 계해(皇統三年 癸亥)’ 1143년(인종 21)이어서 좀더 조사가 필요하다.
지금까지 드러난 유구나 유물로만 보아서도 역사 속에 묻혀 있던 고려시대의 새로운 절터가 확인되었으며, 특히 중국 동전의 출토는 이 지역 완도가 장보고가 활동하던 시대 이후에도 계속하여 한 · 중 · 일을 잇는 해상교역 무대에서 주요한 위치를 차지하였음을 짐작케 한다. 또한 고려시대의 동아시아 교섭사와 불교사, 그리고 지방사 연구에 새로운 지식을 더하여 줄 귀중한 성과라고 판단된다.
통일신라시대 장보고의 해상왕국 본거지인 청해진 유적과 관련하여 장보고가 건립한 것으로 전하는 법화사의 전체적인 규모나 건물의 용도에 대해서는 아직 단정적 결론을 내릴 수 없으나, 당초문 암막새와 연화문 수막새가 1조로 출토된 것은 드문 예로서 대단히 중요한 용도의 건물이었을 것으로 판단된다.
또 다른 건물지에서는 주로 고려 초 · 중기의 것으로 보이는 기와조각과 자기류, 동전 1점(崇寧重寶 : 휘종 연간) 등이 출토되었다. 그러나 10세기경까지 연대를 올려볼 수 있는 햇무리굽녹청자 밑바닥 부분 파편 1점과 기와조각들이 출토되어 연대 추정에는 좀더 정밀한 검토를 해야 될 것이다.