기록에는 없으나 중앙에도 이와 같은 의학원이 설치되어 있었다고 추정되고 있다. 930년(태조 13)에 설치하였는데, 의학교육뿐만 아니라 관리나 서민의 질병도 치료하였다고 생각된다.
1116년(예종 11) 서경의 의학원을 분사대의감(分司大醫監)으로 고치고 관원은 판감(判監)·지감(知監)·참외(參外)를 두었는데, 지감은 숫자를 제한하지 않고 본직의 고하로써 이를 겸하도록 하고, 참외는 2인으로 하되 8·9품 각 1인으로 하였다. 또, 1076년(문종 30)에 정한 서경관록(西京官祿)에는 의학원박사라는 관명도 적혀 있다.