1977년 10월 28일 자연보호회라는 이름으로 창립하였는데, 그 목적은 우리의 자연을 인위적인 훼손과 파괴로부터 보호하고 소중히 보존하여 아름다운 국토를 우리 후손들에게 길이 물려주자는 것이었다.
이러한 목적을 달성하기 위하여 자연보호운동 전개 및 지도, 홍보활동과 교육을 실시하고, 자연의 실태를 종합적으로 조사, 연구하여 보호대책을 강구하며, 나아가 국내외의 유관단체와 유대강화를 꾀하고 있다. 1978년 10월 5일에는 <자연보호헌장>을 제정, 선포하고 유공자 서훈을 시작하였다.
1979년 1월에는 국제자연보존연맹(IUCN)에 가입하고, 1979년 4월 9일 지금의 이름으로 바꾸면서 위원장을 회장으로 명칭 변경하였다. 1998년에는 내부무 산하에서 환경부 산하로 이관되었다. 조직은 회장 1인, 부회장 5인, 감사 2인, 이사 100인, 분과위원회와 16개 시·도 협의회로 구성되어 있다.
그 중 학술위원회는 개발과 보전책 제정에 관한 정부 및 관련부서의 생태학적 자문 제공, 절대보존구역의 지정 등 학술적 자료 제공이 필요한 곳의 생태조사 활동, 에너지 저소비구조로의 정착 등 생활환경에 필요한 법률안 마련 촉구활동, 지역환경 발전을 위한 세미나·포럼·토론회 개최, 지역개발에 따른 연구·조사·감시 등 활발하게 활동하고 있다.
주요사업 내용을 보면, 교육 강연 및 계몽활동으로 전국 순회강연회, 자연보호활동 수기 공모, 사라져가는 한반도의 얼굴전 개최 등이 있고, 발간사업으로 ≪자연보호지≫(계간)·≪자연보호교육지침서≫·≪자연실태학술조사보고서≫ 등을 간행하였다. 자연실태 종합학술조사는 1982년 덕적군도 및 인근도서를 시작으로 낙도와 비무장지대인접지역, 1999년에는 천관산에 대하여 실시하였다.
한편, 1988년 네팔과 국제협약 체결을 비롯하여 1992년 유엔환경개발회의(UNCED) 참가, 1996년 한·베트남 공동 자연생태계 학술조사 협약 체결, 1999년 NGO 국제서울대회에 참석하는 등 국제협력 활동도 활발하게 이루어지고 있다.