중앙과 지방의 문화원 수가 늘어나게 되자, 이들의 힘을 결집하고 서로 연계하여 공동이익을 추구할 필요성을 느껴 1962년 2월 전국의 문화원장이 대전에서 회의를 갖고 연합회 설립을 결의, 같은 해 8월 8일 사단법인 한국문화원연합회로 출범하였다.
정부는 문화원연합회와 지방문화원을 모두 사단법인으로 만들어 지원, 감독할 수 있게 했으며, 1964년 지방문화사업조성법을 제정하여 국고에서 예산을 보조할 수 있는 법적 근거를 마련하였다. 문화원연합회는 새로 제정된 지방문화원진흥법이 발효됨에 따라 1994년 7월 지방문화원과 함께 사단법인체에서 특별법에 의한 법인체로 탈바꿈하고 전국문화원연합회로 개명하여 새롭게 되었다.
문화원연합회는 광역시와 각도에 지회를 두고 있다. 주요 사업은 ① 지방 문화의 균형 발전을 위한 조사, 연구 및 지원. ② 지방 문화원에 대한 정보, 자료 등의 제공. ③ 국내외 문화 단체와의 협력 및 자료 등의 교류. ④ 지방 문화원 종사자의 자질 향상을 위한 교육 연수. ⑤ 문화관광부장관이 위탁한 지방 문화 발전에 관한 사무 처리. ⑥ 기타 지방 문화원 간 상호 협조 및 공동으로 참여하는 전국 및 광역권 문화 사업 실시. ⑦ 『한국의 향토문화자원』 등 지역문화 전문서적 및 지역문화현황과 주요사업에 대한 통계 자료 발간. ⑧ 관광기금지원사업의 일환인 역사마을 만들기 사업 실시. ⑨ 복권기금 지원 사업으로 소외계층을 대상으로 하는 문화향수권 제고 사업 등을 시행하고 있다.
국민들의 문화에 대한 관심이 높아짐에 따라 사업 영역은 계속 확대되어 가고 있는 추세이다. 예산은 국고 보조금, 문예진흥기금과 방송발전기금의 지원금 및 자체 회비, 기타 협찬금(기부금) 등으로 구성되어 있다. 2007년 현재 지방조직으로 광역시와 각 도에 16곳의 지회와 전국 234개 시·군·구에 224곳의 지방문화원을 회원으로 두고 있다. 회원은 회비를 납부하며 지방 문화원 사업에 자진 참여하는 정회원은 약 7만 여명이다.