행정조직법정주의는 「행정조직법」의 영역에서 법치주의 원리의 반영·실현을 뜻한다. 현행 「헌법」 제96조는 “행정각부의 설치·조직과 직무범위는 법률로 정한다”고 규정하여 행정조직법정주의를 채택하고 있다. 이에 근거하여 「정부조직법」이 제정되었다.
「정부조직법」은 대통령, 국무총리, 행정각부의 구성에 대하여 규정하고 있으며, 중앙행정기관(부· 처·청 및 외국)의 설치와 직무범위는 법률로 정하도록 하고 있다. 정부기구는 국가이념을 구현하고, 정부의 정책을 효율적으로 수행하며, 국민의 행정수요를 민주적이고도 능률적으로 충족할 수 있도록 조직되어야 하기 때문에, 정부조직은 국가정책의 변경과 행정수요의 변화에 따라 변화하여 왔다. 정부수립 후 지난 50년간 정부조직은 「헌법」의 개정, 정치적 변혁, 국가경제의 발전 등 주요정책의 추진, 행정개혁 등의 동기에 의하여 많은 개편이 이루어졌으며, 「헌법」은 국가조직을 크게 국회·정부·법원·헌법재판소 및 선거관리위원회로 나누고, 지방자치조직을 두도록 하였다.
현재 정부조직은 크게 대통령, 국무총리, 그리고 기획재정부, 교육과학기술부, 외교통상부, 통일부, 법무부, 국방부, 행정안전부, 문화체육관광부, 농림수산식품부, 지식경제부, 보건복지부, 환경부, 노동부, 여성가족부, 국토해양부의 15부와 법제처·국가보훈처의 2처로 구성되어 있다.
행정기관의 장은 소관 사무를 통할하고 소속공무원을 지휘·감독하며, 차관(제25조제2항에 따라 정무직으로 보하는 본부장을 포함) 또는 차장(국무총리실의 차장을 포함)은 그 기관의 장을 보좌하여 소관사무를 처리하고 소속공무원을 지휘·감독하며, 그 기관의 장이 사고로 직무를 수행할 수 없으면 그 직무를 대행한다. 다만, 차관 또는 차장이 2명인 기관의 장이 사고로 직무를 수행할 수 없으면 대통령령으로 정하는 순서에 따라 그 직무를 대행한다(「정부조직법」 제7조).
대통령은 정부의 수반으로서 법령에 따라 모든 중앙행정기관의 장을 지휘·감독하며, 국무회의 의장으로서 회의를 소집하고 이를 주재한다. 의장이 사고로 직무를 수행할 수 없는 경우에는 부의장인 국무총리가 그 직무를 대행하고, 의장과 부의장이 모두 사고로 직무를 수행할 수 없으면 제22조 제1항에 규정된 순서에 따라 국무위원이 그 직무를 대행한다.
국무총리는 대통령의 명을 받아 각 중앙행정기관의 장을 지휘·감독하고, 중앙행정기관의 장의 명령이나 처분이 위법 또는 부당하다고 인정될 경우에는 대통령의 승인을 받아 이를 중지 또는 취소할 수 있다. 대통령이 특별히 지정하는 사무 또는 대통령의 명을 받아 국무총리가 특히 지정하는 사무를 수행하기 위하여 1명의 국무위원을 둘 수 있다.
「헌법」 및 「정부조직법」 기초위원회는 1948년 6월 2일부터 7월 20일까지 존재하며, 2개월간 제헌국회에서 선출된 국회의원 및 민간인으로 구성되어 대한민국 「헌법」과 「정부조직법」을 수립하였다. 「정부조직법」은 정부조직은 하나의 국가가 국가로서 기능하는데 필수불가결한 요소이다. 따라서 1948년 7월 17일 「헌법」이 공포된 후 같은 날 제일 먼저 행정부의 조직을 규정한 「정부조직법」이 법률 제1호로 제정·공포되었다. 이후 55차례의 개정을 거쳐 오늘에 이르고 있다. 가장 최근의 개정은 2010년 1월 18일 55차 개정으로 노동부를 고용노동부로 명칭을 변경하도록 하고 있다.
「정부조직법」은 대통령과 국무총리 및 행정 각부의 관장사항을 규정함으로써 직무범위를 명확히 하여 국가 행정사무의 체계적·능률적 수행을 가능하게 한다.