1967년 11월 충남대학교 의과대학이 설립되었고, 1972년 7월 대전시 대흥동에 위치한 충남도립의료원 시설을 충청남도로부터 임대하여 16개 진료과와 200병상 규모의 충남대학교의과대학부속병원으로 개원하였다.
1975년 12월 건강관리과 등이 증설되어 18개 진료과로 되었고, 1978년 12월 250병상 규모로 증설되었다. 1984년 10월 현재의 위치로 병원을 신축하여 이전하였다. 1984년 12월 23개 진료과로 증설되었고, 1986년 6월 499병상 규모로 증설되었다. 1988년 3월 충남대학교병원으로 개칭되었다.
1990년 1월 582병상으로 증설되었고, 1989년 9월 임상연구동 및 특수병동을 준공하였다. 1994년 5월 783병상으로 증설되었고, 1995년 8월 21일 법인 충남대학교병원으로 전환되었다.
1997년 2월 850병상으로 증설되었고, 1997년 5월 종합건강증진센터가 개설되었다. 1998년 7월 대전·충남 권역별 응급의료센터 기공, 소아병원 개원 및 종합의료정보시스템을 가동하였다. 1998년 12월 현재 23개 진료과에 850병상 규모이며, 겸직교수 101명, 약사 32명, 간호사 344명 등 1,163명이 종사하고 있다.
1997년에는 연간 262,652명의 입원환자와 479,850명의 외래환자를 진료하였다. 1998년 현재 대전·충청지역의 14개 중소병원과 모자병원, 자매병원 협약을 체결하여 기술교류와 각종 의료정보를 교환하고 있다. 충남대학교병원은 우수한 의료진과 첨단장비를 갖추고 중부권 최고의 병원으로 지역의료계를 선도하고 있다.