설치연대는 확실하지 않으나 1485년(성종 16)에 확정된 『경국대전(經國大典)』 예전(禮典)에 치종의(治腫醫)을 두어 치료에 종사하였다는 기록이 있다. 또, 『증보문헌비고(增補文獻備考)』 전의감부치종청(典醫監附治腫廳)에서도 1603년(선조 36)에 치종청을 다시 설치하여 치종을 관장하게 하고, 뒤에 전의감에 병합하였다고 하였다.
관원으로는 교수 1인(전의감교수로서 치종청에 이속시킴), 침의(鍼醫) 3인, 전함(前銜) 10인, 생도 10인을 두었다고 되어 있다. 처음에는 독립된 관서로 설치하였다가 뒤에 전의감에 합병된 것으로 추정된다.