1958년 10월 천주교교육을 담당할 수도자 및 평신도들의 자질향상과 인재양성을 목적으로 당시 경기도 가평 본당의 조인원 신부가 가평 천주교회 안에 2년제 정지신학원(貞智神學院)을 설립한 것이 오늘날의 가톨릭교리신학원의 전신이다. 초대원장은 조인원(趙仁元)이었다.
1962년에 서울대교구 산하 교육기관으로 승인되었고, 1963년 4월에 서울로 이전하여 성북구 길음동에 있는 성가병원의 부속건물을 교사로 사용하기도 하였으나, 그 뒤 여러 곳으로 옮겨 다녔다.
1963년 7월 비로소 서울시 교육위원회로부터 관인학원인가를 받아 서울특별시 도봉구 수유동에 부지를 매입하여 교사를 신축, 이전하고 1964년 학원명을 가톨릭 교리학원으로 개칭하였다.
그 뒤 1968년 10월에는 주교회의 산하의 전국 기구로 승격되었고, 1971년 9월 서울특별시 종로구 혜화동의 신축교사로 이전, 1974년에 현재의 명칭으로 개칭하였다. 1978년에는 성바오로딸수도회가 주관하는 시청각통신성서교육부를 병설하였고, 1987년에는 평신도 재교육을 위한 상설기구로 평신도 교육 연수부(1992년 폐쇄)를 개설하였다.
한편, 1968년 이후로 주교회의 산하의 전국기구였다가 1980년에 와서 그 운영 권한이 서울대교구로 이관되었다. 2년제 본과·교리교육과·야간부 종교교양과 및 2년제 신학통신교육부와 1996년가톨릭대학교로 편입되어 사회교육원으로 명칭이 바뀌었다가 1999년에 사회교육원에서 분리되면서 명칭도 ‘가톨릭 교리 신학원’으로 개칭하였다. 2002년에는 신학통신교육부 2년 과정을 6년 과정의 ‘통신신학교육부’로 개칭했으며, 2003년에는 ‘시청각통신 성서교육부’를 성바오로딸수도회에 이관하였다. 2006년에는 서울대교구 산하 단체로 승인되었고, 2010년에는 가톨릭신학연구실, 2014년에는 ‘신학편지 과정’, 2017년에는 ‘신학심화과정’을 개설하였다. 2018년 2월 현재 교리교육학과 58회 2,797명 졸업·106명 수료, 종교교육학과 48회 1,472명 졸업·438명 수료, 신학심화과정 1회 19명 졸업·2명이 수료하였다.