김삼순(金三純)·정후섭(鄭厚燮)·이지열(李址烈)·김병각(金炳珏)·김종협(金鍾協)·이두영(李斗永)·임정한(林鼎漢) 등이 중심이 되어 1972년 12월 16일 서울대학교 의과대학 구내에 있었던 교수회관에서 창립하였다. 창립 당시 초대 회장에 김삼순, 부회장에 정후섭·김병각이 선출되었다.
1973년 6월에 학술지 ≪한국균학회지≫를 창간한 뒤, 1999년 현재 27권 6호까지 발간하였다. 봄과 가을에 각각 연구발표회를 개최하고 있으며, 그 중간에 월례회를 4회 정도 열고 있다. 1973년 7월 3일에 국제균학협회에 단체회원으로 정식 가입하였으며, 제2회 및 제3회 국제균학회의에 학회대표가 참석하였다. 아시아·미국·유럽의 유명한 균학자를 초빙하여 국제합동심포지엄을 매년 개최하고 있다.