김삼순(金三純) · 정후섭(鄭厚燮) · 이지열(李址烈) · 김병각(金炳珏) · 김종협(金鍾協) · 이두영(李斗永) · 임정한(林鼎漢) 등이 중심이 되어 1972년 12월 16일 서울대학교 의과대학 구내에 있었던 교수회관에서 창립하였다. 창립 당시 초대 회장에 김삼순, 부회장에 정후섭 · 김병각이 선출되었다.
1973년 6월에 학술지 ≪한국균학회지≫를 창간하였고, 봄과 가을에 각각 연구발표회를 개최하고 있으며, 그 중간에 월례회를 4회 정도 열고 있다.
1973년 7월 3일에 국제균학협회에 단체회원으로 정식 가입하였으며, 제2회 및 제3회 국제균학회의에 학회대표가 참석하였다. 아시아 · 미국 · 유럽의 유명한 균학자를 초빙하여 국제합동심포지엄을 매년 개최하고 있다.
2006년에는 ≪Mycobiology≫가 한국연구재단 등재학술지에 선정되었다.2012년에는 한일균학공동심포지움 (The 2nd Korea-Japan Joint Symposium of Fungal Biology)을 개최하였다. 2016년에는 학회지가 한국연구재단 등재 학술지에 선정되었다. 2019년에는 한국미생물학회연합과 공동으로 국제학술대회를 개최하였고, 2021년에는 한·일 균학공동심포지움을 개최하였다. 2022년에는 학회 창립 50주년을 기념하여 학술대회를 개회하였고, 2024년에는 (사)한국버섯학회와 공동으로 지리산 일대에서 버섯생태조사를 하였다.
≪한국균학회지(The Korean Journal of Mycology)≫와 ≪Mycobiology≫를 발행하고 있다. 두 학술지 모두 SCOPUS에 등재되었으며, ≪Mycobiology≫ 는 SCIE에도 등재되었다. 회원의 연구의욕 고취를 위해 우수논문상, 학술상, 여성과학자상, 젊은 과학자상 등을 제정하여 수여하고 있다.