동물학의 기초 및 응용에 관한 학술 발전 및 보급에 기여함으로써 과학화 기술의 진흥에 이바지함을 목적으로 1957년 10월에 설립되었다.
원래 동물학회는 1946년에 창립된 대한생물학회(大韓生物學會)가 그 전신인데, 대한생물학회는 설립 이후 별다른 활동을 못하다가 1956년에 이르러서야 연구논문집 ≪생물학회보(生物學會報)≫의 창간하였다. 1957년에 제2권을 내놓은 다음, 그 해 가을에 체제를 개편하여 한국생물과학협회로 개칭하고, 그 산하학회로 한국동물학회와 한국식물학회를 두었다.
이후 대한생물학회는 동물학회와 식물학회로 분리되고, 두 학회의 연합체로 한국생물과학협회가 탄생하였다. 동물학회로 새로 발족하면서 봄 · 가을 2회의 학술대회를 개최하는 한편, 비정기적으로 강연회와 심포지엄을 수시로 개최하였다.
1958년에는 학술지 ≪동물학회지(The Korean Journal of Zoology)≫를 창간하였고, 1984년에는 한국동물학회 뉴스레터를 창간하였다.
1997년부터 한국식물학회, 한국미생물학회, 한국생태학회, 한국육수학회, 한국동물분류학회, 한국유전자학회와 공동으로 영문학술지 Korean Journal of Biological Sciences를 창간하였다. 1999년에는 출판위원회를 설립하고 번역서 제 1권 「Charles Darwin」을 출판하였다.
2001년에 학회지가 한국연구재단 등재학술지로 선정되었다. 2008년에는 학회지의 명칭도 Animal Cells and Systems로 변경하였고, SCIE에 등재되었다. 2009년에는 시대의 흐름을 반영하여 학회의 명칭을 '한국통합생물학회'로 이름을 바꿨다. 2018년에는 Animal Cells and Systems가 PubMed Central (PMC)에 등재되었다.
학술지 Animal Cells and Systems를 발행하고 있으며, 유관 학회와 공동으로 영문학술지 Korean Journal of Biological Sciences를 발행하고 있다. 이 영문학술지는 미국의 ≪Biological Abstracts≫ 등 국제논문요약집에 수록되고 있다. 한편, 연구자의 연구의욕 고취를 위해 신진연구자상을 제정하여 수여하고 있다. 학회 사무실은 서울특별시 강남구 한국과학기술회관에 있다.