동물학의 기초 및 응용에 관한 학술 발전 및 보급에 기여함으로써 과학화 기술의 진흥에 이바지함을 목적으로 1957년 10월에 설립되었다.
원래 동물학회는 1946년에 창립된 대한생물학회(大韓生物學會)가 그 전신인데, 대한생물학회는 설립 이후 별다른 활동을 못하다가 1956년에 이르러서야 연구논문집 ≪생물학회보 生物學會報≫의 창간호를 발간하였고 1957년 제2권을 내놓은 다음, 그 해 가을에 체제를 개편하여 한국생물과학협회로 개칭하고, 그 산하학회로 한국동물학회와 한국식물학회의 두 학회를 두었다.
즉, 대한생물학회는 동물학회와 식물학회로 분리되고, 두 학회의 연합체로 한국생물과학협회가 탄생한 셈이다. 동물학회로 새로 발족하면서 봄·가을 2회의 학술대회를 개최하는 한편, 비정기적으로 강연회와 심포지엄을 수시로 개최하였다.
1958년부터 1996년까지 학술지 ≪동물학회지 動物學會誌≫를 발행하였으며, 1997년부터 한국식물학회, 한국미생물학회, 한국생태학회, 한국육수학회, 한국동물분류학회, 한국유전자학회와 공동으로 영문학술지를 연 4회에 걸쳐 발행하고 있으며, 2001년 현재 4권 4호까지 간행되었다. 이 학술지에는 평균 20편 정도의 학술논문이 수록되어 있는데, 그 대부분은 영문으로 된 논문으로, 미국의 ≪Biological Abstracts≫ 등 국제논문요약집에 수록되고 있다.
정회원자격은 대학 또는 대학원에서 동물학에 관련된 학문을 전공하였거나 기타 연구기관에서 4년 이상 이 분야의 직무에 종사한 실적이 있는 자이어야 한다. 2001년 현재 정회원 총수는 957여 명이다.