식품의 위해를 방지하고 식생활의 안전성을 확보하기 위한 학술연구를 통하여 국민보건을 향상시키고 발전시키기 위해, 심길순(沈吉淳, 서울대), 신광순(申光淳, 서울대), 백덕우(白德禹, 국립보건원), 백영수(융영물산)등이 중심이 되어 설립하였다. 국내외 타 기관 및 유관 학회와의 공동으로 학술 연구, 식생활위생으로 인한 소비자 보호를 위해 교육 및 계몽활동 등 제반사업을 지원하며 수행하고 있다.
1986년에 ‘한국식품위생학회’로 설립하였고, 동시에 학회지 ≪한국식품위생학회지≫를 창간하였다. 1994년에는 학회지 명칭을 ≪식품위생 · 안전성 연구≫로 바꾸었다. 1995년에는 학회지 명칭을 ≪한국식품위생 · 안전성학회지≫로 개칭함과 동시에 학회의 명칭도 ‘한국식품위생안전성학회’로 바꾸었다.
2006년에는 학회창립 20주년 기념 국제심포지엄을 개최하였고, 2007년에는 대한수의학회와 공동으로 국제 심포지움을 개회하였다. 2010년에는 학회지 ≪한국식품위생 · 안전성학회지≫가 한국연구재단 등재학술지로 선정되었다. 같은 해 독일연방위해평가원 초청 국제심포지움을 개최하였다. 2011년에는 Korea-UK Joint Symposium on Microbial Food Safety 국제 심포지움을 개최하였다. 2013년에는 ‘후쿠시마 오염수 누출과 일본산 수입수산물의 안전 진단’ 을 주제로 정책세미나를 개최하였다. 2021년에는 한국식품안전협회와 식품분석사 양성을 위한 업무협약을 체결하였다.
한국식품위생안전성학회에는 식품위생정책분과 · 식품분석분과 · 첨가물소재분과 · 수산식품분과 · 건강식품분과 · 식중독미생물분과 · 동물의약품잔류분과 · 곰팡이독소오염분과 · 잔류농약분과 · 축산식품위생분과 등의 분과연구회를 두고, 영역별로 워크샵, 특별강연회 및 세미나를 개최하고 있다. 1997년부터느 ‘한국식품위생안전성학회 대상’을 제정하여 연구업적이 우수한 사람들에게 수여하고 있다. 그리고 학회지 ≪한국식품위생 · 안전성학회지≫를 발간하고 있다.