1974년 1월에 초대, 2대 소장을 각각 역임한 민만식(閔萬植) 교수와 김이배(金二培) 교수에 의해 설립되었다.
설립 당시 중남미는 우리에게 경제적 측면보다는 외교상의 중요성이 더 부각되고 있었다. 33개국에 이르는 중남미의 국가 수는 남북 대결외교가 한창이던 당시 결코 무시할 수 없는 것이었다.
국내 최초의 중남미 관련 연구기관으로서 이 연구소는 한국과 이들 국가 간의 상호 이해와 협력을 증진시키기 위해 이 지역에 대한 정치·경제·사회·문화 등 다방면의 연구를 진행하고 있다.
이러한 연구 업적은 연구소 학술지인 ≪중남미 문제 연구≫(최근 ≪중남미 연구≫로 개명)가 1976년에 첫 호가 발간된 이래 1999년 12월에 18-2권이 발간될 때까지 국내의 중남미 지역 연구에 지대한 공헌을 하고 있다.
특히 ≪중남미 문제 연구≫ 제4권은 국내에 있는 중남미 관계 서적 및 논문을 총망라하여 주제 및 국별로 분류, 정리함으로써 중남미를 연구하는 학자들에게 귀중한 자료집이 되고 있다.
1985년에는 유네스코한국위원회와 공동으로 매년 1회 ≪한국과 이베로아메리카 Corea e Iberoamerica≫라는 국내 유일의 스페인어·포르투갈어로 된 국제학술지를 발간함으로써 국내의 연구 업적을 국내 뿐만 아니라 해외에도 알릴 수 있는 계기를 마련하였으며, 동시에 많은 외국 학자들의 논문을 국내 학자들에게 소개하는 역할도 담당하였다.
또한 1996년부터는 중남미의 경제적 중요성이 날로 부각됨에 따라 지역 정보를 제공하는 ≪라틴미주 리포터≫를 연4회 발간함으로써 이 지역의 생생한 뉴스를 분석기사들과 함께 제공하기도 하였다.
본 연구소는 1999년 4월 한국외국어대학교 용인 캠퍼스(2014년 이후 글로벌캠퍼스로 명칭 변경)에 새로 건립된 외국학 종합연구센터로 이전함으로써 전임 연구원을 두고 새로운 발전의 계기를 마련하고 있다. 현재 본 연구소의 소장은 3대 강석영(姜錫永) 교수, 4대 정규호(鄭圭浩) 교수, 5대 손관수(孫觀秀) 교수에 이어 6대 우덕룡(禹德龍) 교수가 맡고 있다.