1963년 9월 대한광산학회로 인가를 받은 이래 국내외의 광물자원 · 에너지자원 · 지하수자원의 개발을 위한 연구와 자원정책 수립의 주역을 담당하고 있다. 최근에는 자원개발과 국토개발에 따르는 환경훼손을 최소화하고 자원환경 보전을 위한 연구를 병행하고 있다.
우리 나라에서 자원공학회의 역사는 일제시대의 조선광업회에까지 소급되나, 당시 학회활동의 주역은 일본인이었다. 1945년 광복 직후 광업관련 협회들이 설립되어 광산 개발이 계속되었다.
그러던 차인 1962년 4월 대한광산학회가 설립되었고, 1963년에는 사단법인 대한광산학회 인가를 받았다. 1964년에는 학회지 ≪대한광산학회지≫를 창간하였다. 1989년 6월에는 학회 명칭을 한국자원공학회로 변경하였고, 학회지도 ≪한국자원공학회지≫로 변경하였다.
1994년에는 International Symposium for Grain Elevator and Underground Food Storage를 개최하였고, 1996년에는 Korea-Japan Joint Symposium on Rock Engineering 한·일 암반공학 공동심포지엄을 개최하였다. 1998년에는 영문 학술지 Geosystem Engineering(GSE)을 창간하였다. 1999년에는 The Second Asia Pacific Symposium on Environmental Geochemistry 국제심포지엄을 개최하였다.
2001년에는 ≪한국자원공학회지≫가 한국연구재단 등재 학술지로 선정되었다. 같은 해 Application of Geosystem Engineering for Optimal Design of Underground Development and Environment in 21 Century 국제심포지엄을 개최하였다. 2003년에는 The 7th Pacific Rim International Conference on Water Jetting Technology 제7회 환태평양 국제워터젯학술회의를 개최하였고, 2007년에는 International Symposium on Minerals and Materials Processing 국제심포지엄을 한국지질자원연구원과 공동으로 개최하였다.
2013년에는 Geosystem Engineering이 SCOPUS에 등재되었다. 2020년에는 7th International Symposium on Mine Reclamation 국제심포지엄을 개최하였다.
학회의 주된 관심의 대상이 되는 자원이 본질적으로 재생이 불가능한 고갈성이라는 사실에 자원문제의 심각성을 인식하고, 몇 가지 당면과제를 설정, 학회를 운영하고 있다. 학회 내에 자원지질 · 지구화학, 물리탐사학, 암반공학, 자원활용소재 · 리싸이클링, 석유공학, 자원환경공학, 자원개발공학, 지하수공학, 석재 · 골재 개발, 자원경제 · 정책, Water Jet, 자원공학 교육 등의 학술전문분과가 있다.
학회지 ≪한국자원공학회지≫와 영문 학술지 Geosystem Engineering을 발간하고 있으며, 학회활동을 활성화하고 고무하기 위하여 매년 서압상 · 학술상 · 기술상 · 공로상을 제정하여 시상하고 있다.