1966년 국내의 해양분야에 종사하고 있던 여러 인사들이 해양학회 창립의 필요성을 절감하게 되어 당시 이병돈(李秉暾)·최상(崔相)·이석우(李錫祐)·김종수(金鍾洙)·허형택(許亨澤)·박주석(朴周錫) 등에 의하여 발기되었다.
창립목적은 해양학의 진보 및 해양에 관한 지식의 향상과 보급에 공헌하며, 해양자원의 개발과 보존에 기여하는 데 있었다.
창립 초기에는 회원과 재정이 빈약하여 유네스코한국위원회 과학부의 재정지원을 받았으나 1968년 서울대학교에 최초로 정규 해양학과의 신설을 계기로 점차 발전하게 되었고, 이후 12개 대학에 해양학과가 개설되어 많은 해양학자가 배출됨으로써 회원과 재정이 건실하게 되어 1993년도에는 과학기술처에 사단법인체로 등록되었다.
1998년 현재 총 회원수는 전국적으로 850여명(단체회원 42개 포함)에 달하여 명실공히 우리나라 해양학분야를 국내외에 대표하는 학회로 성장하였다. 이 학회의 회원은 해양학 분야의 연구 및 조사에 종사하는 개인(정회원)이나 학생(준회원), 그리고 단체(특별회원)로 구성되어 있으며, 그 자격은 소정의 입회원서를 제출한 뒤 이사회의 승인을 얻어 취득한다.
학회의 운영은 회장제로서 회장·총무이사·편집이사 등이 사무를 관장하되 주요안건은 연 1회 개최되는 정기총회와 연중 수시로 개최되는 10여명 이내의 이사회 및 80명으로 구성되는 평의원회에서 의결하도록 하고 있다.
해양학 연구를 촉진하고 그 결과를 신속히 회원과 학계에 전달하기 위하여 1966년부터 ≪한국해양학회지≫를 발간하고 있으며, 학문의 정보교환과 토론의 장으로서 연 2회 춘계와 추계에 정기학술발표회를 개최하며 아울러 발표회 초록집을 발간하고 있다.
또한 물리해양학분과·화학해양학분과·생물해양학분과·지질해양학분과의 기본 4개 분과와 해양환경보전분과의 특별분과에서 연 1∼2회의 분과별 세미나를 개최하여 심도있는 논의의 장을 열고 있다.
이 밖에도 국내외의 학술단체와 공동으로 연구발표회를 수시로 개최하여 괄목할만한 성과를 이룩하였으며, 국내의 69개 대학, 연구기관, 관공서 및 학회, 미국·일본·영국·독일·프랑스·캐나다 등 국외의 57개 유관기관과 자료를 교환하고 있다.
≪한국해양학회지≫는 1966∼1984년에 연 2회, 그 이후로는 연 4회 발간하였으나, 1996년부터는 국제적으로 다양한 학술교류의 요구를 수용하기 위하여 영문전용의 ≪Journal of the Korean Society of Oceanography≫와 국영문 혼용의 ≪바다≫로 분할하여 각각 연 4회씩 발간하고 있다. 이밖의 간행물은 ≪한국해양학의 발전과 전망≫(1984)과 ≪해양학용어집≫(1993)이 있다.