1112년(예종 7)에 설치하여 판관(判官) 4인을 두었는데, 본업(本業) 및 산직(散職)으로 교차하고 을과(乙科)에 급제한 사람이 권무(權務)하였다.
이 혜민국은 충선왕 때 사의서(司醫署)의 소관으로 하였으나 1325년(충숙왕 12) 10월의 교문(敎文) 가운데에 “혜민국·제위보·동서대비원은 모두 폐기……”라는 내용이 있는 것으로 보아 관직만 존속되고 있었던 것 같다.
1391년(공양왕 3)에 혜민국을 혜민전약국(惠民典藥局)으로 개칭하여 일반 진료에 종사하게 하였다. 1392년 7월의 태조신반관제(太祖新頒官制)에서 혜민고국(惠民庫局)으로 계승되어 고려시대와 같이 판관 4인을 두었다가 1466년(세조 12) 1월에 혜민서(惠民署)로 개칭하였다.