1392년(태조 1) 7월 고려의 제도에 따라서 동·서대비원(東西大悲院)을 두어 병자와 갈 곳이 없는 사람을 수용하여 구활하였는데, 관원으로 부사(副使) 1인, 녹사(錄事) 2인을 두었다.
1414년(태종 14) 9월 불교의 명칭을 벗고 동·서활인원으로 개칭하였는데, 그 위치는 『세종실록』 지리지 한성부조(漢城府條)에 동활인원은 동소문 밖에, 서활인원은 서소문 밖에 두어 도성내의 병자와 오갈 데 없는 사람을 치료하고 의식(衣食)을 지급하였다고 기록되어 있다.
1466년(세조 12) 1월 동활인원과 서활인원을 통합하여 활인서로 고치고 참봉 1인을 가설하였는데, 『경국대전』의 활인서 관제는 태종부터 성종까지 몇 차례의 개정을 거쳐 확정된 것이다. 즉, 제조(提調) 1인, 별제 4인, 참봉 2인, 서리 4인이고 참봉과 의원은 체아직(遞兒職)이며 1년에 두 번 도목(都目)을 거쳤다.
『육전조례』에는 위의 관원 외에 이례(吏隷)로 서원(書員) 2인, 고직(庫直) 1인, 사령 5인, 구종(驅從) 1인을 두었다. 활인서는 임진왜란 때 일시 중절되었으며 1882년(고종 19) 폐지되었다.