1995년 경부고속철도경기도 · 충청권 구간에 대한 지표조사 및 시굴조사과정에서 처음 발견되었다. 2003년 8월 29일 사적으로 지정되었으며, 화성시에서 관리하고 있다.
1996년∼1997년 사이에 서울대학교박물관과 호암미술관에서 발굴조사를 실시하였다. 조사 결과 서기 200∼400년대 초반까지의 초기백제 생활상을 밝힐 수 있는 대규모 고분단지임이 밝혀졌다. 더구나 소백산맥 이북 지역에서는 유례를 찾을 수 없는 대규모 고분군이라는 점에서 그 중요성이 인정되고 있다.
이 유적의 면적은 약 76,394㎡로, 동일 지역 내에 고분의 형태는 나무널무덤[木棺墓] · 나무덧널무덤[木槨墓] · 돌덧널무덤[石槨墓] · 굴식돌방무덤[橫穴式石室墳] 등 여러 모습이 혼재해 있는 것으로 나타나고 있다. 이것은 층위적인 중복관계에서 시간적인 선후 관계를 보여주는 것이기도 하지만 출토 유물상에서 서로 다른 구조의 묘제가 병존하였을 가능성도 제기되는 등 복잡한 양상을 띠고 있다. 그리고 발굴 결과 유리제 · 구슬 · 철기류, 그리고 다양한 형태의 토기 등이 다수 출토되었다. 그런데 이들 분묘 중 굴식돌방무덤은 지방 토호세력들의 무덤으로 추정되며, 백제의 왕족들보다 100여 년 가량 먼저 사용했을 가능성을 시사해주는 자료이다.
화성 마하리 백제고분군은 당시의 묘제와 토기의 변천과정, 편년 연구 및 한강유역에 한정되었던 초기 백제의 형성과 전개과정 연구에 중요한 자료를 제공해 주는 유적으로 평가된다.