1996년 1월 15일 서울정문학교 설치조례가 공포되어 1997년 3월 1일 초대 박성래 교장이 취임하였다. 1997년 5월 1일 특수교사 양성대학 대용부속학교로 지정되었다. 1998년 12월 31일 신관교사가 준공되었다. 2000년 3월 1일 서울특별시 교육청 특수교육 시범 운영학교로 2년간 지정되었다.
2000년 12월 30일 총 급식 우수학교로 교육감 표창을 받았고, 2001년 12월 31일 학교경영 우수학교로 교육감 표창을 받았다. 2010년 3월 2일 2010학년도 시업식 및 입학식(유치 4명, 초등 10명, 중등 14명, 고등 32명, 전공 20명, 총 80명)을 하였다.
‘나라와 이웃을 사랑하고 더불어 살아가는 사람, 장애를 극복하고 자신의 일을 스스로 하는 사람, 몸과 마음이 건강하고 예절바른 사람, 아름다움을 느끼고 소질을 키워가는 사람’을 기른다는 교육목표 아래 교훈은 ‘밝고 튼튼하게 스스로 생활하자’이다. 교목은 목련, 교화는 장미이다.
2010년 노력 중점 교육활동으로 수업전문성 향상을 위한 수업연구 및 연수충실, 기본 생활 습관 형성을 위한 생활 중심 교육과정의 운영, 다양한 교육지원 활동과 특별활동 및 특기적성교육의 강화, 전환교육 및 직업진로교육의 강화, 지역사회와 연계한 교육활동의 활성화 등을 시행하고 있다.
특기적성 교육활동으로 ‘정문실로폰 앙상블’ 연주단이 교내·외 연주활동을 하고 있으며, 2007년 10월 11일에는 세계 스페셜 올림픽 제자리 멀리 뛰기, 소프트볼 던지기에서 금메달을 수상하였다. 2010년 4월 현재 29학급(유치 1학급, 초등학교 10학급, 중학교 7학급, 고등학교 9학급)으로 편성되어 있으며, 241명의 재학생과 60명(기간제 교사 9명 포함)의 교사로 구성되어 있다.