자율형사립고등학교는 ‘고교다양화 300 프로젝트’라 불리는 국정과제와 「초·중등교육법 시행령」 개정 등 관계법령 제·개정에 의거하여 사립학교의 건학이념에 따라 교육과정, 학사운영 등을 자율적으로 운영하고, 학교별로 다양하고 개성있는 교육과정을 실시한다. 세계화 시대가 요구하는 창의적 인재육성과 학생·학부모의 다양한 교육욕구를 충족시키기 위해 정부가 추진하는 학교 형태인 자율형 사립고등학교는 학생의 학교선택권과 사립학교 본연의 자율성을 확대할 것으로 기대받고 있다.
이를 위해 건학이념에 따른 교육과정 운영, 능력에 따른 무학년제 수업, 수업일 수 증감 등의 학사운영을 탄력적으로 운영할 수 있으며, 기존 전국 여섯 개의 자립형 사립 고등학교 시범운영 과정에서 나타난 학생선택권 확대, 학생·학부모 만족도 증가 등의 성과는 확대시키고, 사교육비 유발 등 문제점은 최소화하는 고등학교 모형을 추구한다.
정부는 고등학교의 다양화와 사학의 자율성 제고를 위해 2002년부터 자립형사립 고등학교를 추진해 왔으나 현재까지 여섯 개 학교만을 대상으로 시범 운영 중이어 확산이 보류되고 있으나, 새 정부는 ‘고교다양화 300 프로젝트’ 라는 이름으로 고등학교 다양화 정책을 추진할 것을 발표한 바 있고, 동 프로젝트 중 자립형 사립 고등학교와 유사한 자율형 사립 고등학교 100개 설립 과제를 공약하였다.
2008년 3월 20일 교육과학기술부는 대통령 업무보고에서 자율형사립고등학교 도입으로 학생 선택권을 확대하겠으며, 교육과정 운영, 교직원 채용, 학교재정운영 등의 자율성 확대를 위해 자율형사립고등학교 운영을 위한 법적 근거를 마련하겠다고 보고하고, 근거 법령인 「초·중등교육법 시행령」 개정안을 입법예고하였다.
교육과학기술부는 이에 따라 2009년 30개 학교, 2010년 60개 학교, 2011년 100개 학교로 확대 실시하는 것을 목표로 하고 2010년 6월 현재까지 43개 학교를 지정하여 자율형사립고등학교를 운영토록 하고 있다.
자율형사립고등학교는 2009년부터 선정되기 시작하여 2010년 현재까지 모두 43개 학교를 선정되었으며, 서울이 26개, 경기 1개, 광주 3개, 대구 4개, 대전 2개, 부산 2개, 울산 1개, 경상북도 2개, 전라남도 1개, 충청남도 1개이다. 이에서 알 수 있듯이 서울이 전국 자율형사립고등학교 중 60.5%를 차지하고 있다. 그리고 서울의 5개 학교(현대고등학교, 대광고등학교, 경문고등학교, 보인고등학교, 대성고등학교는 2011년부터 운영)를 제외하고 현재 38개 학교 모두 자율형사립고등학교로서 운영 중에 있다. 포항제철고등학교와 광양제철고등학교는 자립형사립고등학교에서 자율형사립고등학교로 전환되었다.