위원회는 항일독립운동, 반민주적 또는 반인권적 행위에 의한 인권유린과 폭력·학살·의문사 등을 조사하여 왜곡되거나 은폐된 진실을 밝혀냄으로써 민족의 정통성을 확립하고 과거와의 화해를 통해 미래로 나아가기 위한 국민통합에 기여함을 목적으로 한다.
위원회는 2005년 12월 1일부터 2006년 11월 30일까지 1년 동안 신청된 진실규명사건 10,860건에 대해 2006년 4월 25일 첫 조사를 개시하여 2010년 6월 30일까지 약 4년 2개월 만에 조사를 완료하였다. 2020년 5월 20일 ‘진실.화해를 위한 과거사정리 기본법’ 개정안이 통과되어 2010년 활동이 끝난 ‘진실.화해를위한과거사정리위원회’ 활동을 재개해 마무리하지 못한 과거사를 다시 조사하게 되었다. 진실규명을 신청할 수 있는 기간 범위는 시행일부터 2년 동안으로 새로 규정하고, 위원회의 조사 기간은 3년(1년의 범위에서 연장 가능)으로 했다.
위원회는 이 기간 동안 사건의 진실규명을 위하여 문헌자료 조사, 신청인과 참고인에 대한 진술조사와 사건 발생 현장 조사 등 실지조사를 실시하였다. 그 뒤 결과를 조사보고서로 작성하여 각 소위원회와 전원위원회의 심의·의결을 거쳤고, 이렇게 확정된 건은 발간하여 국회 및 대통령에게 보고하고 공개하였다. 또한 진실규명 결정된 사건에 대해서는 국가가 공식 사과하고 피해자의 명예회복을 위해 적절한 조치를 취할 것을 국가에 권고하였다.
그 밖에도 위원회는 한국전쟁기 민간인 집단희생 사건과 관련하여 2006년부터 4년 동안 전국 13곳에 대한 유해발굴을 통해 1,617여 구의 유해와 6,020여 점의 유품을 발굴하였다.
위원회는「진실화해를위한과거사정리기본법」에 따라 위원장 등 상임위원 4인을 포함한 15인의 위원으로 구성된다. 국회선출 8인(상임위원 2인 포함), 대통령 지명 4인(상임위원 2인 포함), 대법원장 지명 3인의 위원을 대통령이 임명하며, 위원의 임기는 2년이고 연임할 수 있다.
위원회를 효율적으로 운영하기 위하여 진실규명 조사대상에 따라 제1소위원회, 제2소위원회, 제3소위원회를 구성하여 상임위원 3인이 소위원장을 맡게 하고, 화해조치에 관한 사항을 처리하기 위해 화해위원회를 별도로 구성하였다.
또한 위원회의 사무를 처리하기 위해 사무처를 두고, 그 하부조직으로 3개의 조사국을 비롯한 4국 2관 7과 9팀 1실을 설치하였다(2010년 현재).
위원회는 일제강점기와 6·25전쟁 전후, 그리고 대한민국 정부수립부터 권위주의 통치 시절까지 항일독립운동과 민간인 집단희생, 간첩조작, 해외동포관련사건 등의 진상을 규명해 역사적 진실을 밝혔다.
진실화해위원회는 우리 현대사 전반의 반민주적·반인권적 사건을 다루었다는 점에서 특정사건이나 특정조직에 국한된 조사활동을 했던 여타의 과거사 관련 위원회와 구별된다.