1987년 10월 30일 청주혜화학교 설립을 인가받았으며, 1988년 3월 21일 유치부 1학급, 초등부 1학급으로 개교하였다. 1994년 3월 1일 중학부 1학급을 설치하였으며 그 이듬해인 1995년 2월 28일청원군 남이면 구암리로 교사를 신축하여 이전하였다.
1997년 3월 1일 순회반 2학급, 고등부 1학급을 설치하였다. 1997년과 1998년 2년 동안에 걸쳐 교육부지정 특수교육 시범학교로 지정되어 보고대회를 가졌다. 2001년에는 정보활용교육 시범학교로 운영결과를 보고하였고, 2002년 3월 1일 공주대학교 사범대학 대용부속학교로 지정되었다.
교육목표는 스스로 할 수있는 일을 더 잘하는 학생으로 삼고 있으며, 장애극복 의지로 꿈을 키우는 학생상, 교육전문가로 사랑과 믿음을 주는 교사상, 교육낙원건설로 희망을 주는 학교상을 제시하고 있다. 혜화학교가 중점을 두는 것은 자립생활 중심 교육과정 개발, 장애극복 보상 교육, 장애아 교육낙원 조성이다.
구체적인 내용으로는 자립생활 중심 개별화교육 프로그램 운영, 재능계발 지도, 통합교육 기반 조성, 장애보상 치료교육 체제 구축, 수준별 치료교육, 치료교육 시설 확충, 장애 없는 환경조성, 진학, 진로지도, 자원봉사제도 운영을 들 수 있다. 교목은 조각자(주엽나무)로 생육력이 강하고 가식없는 성격과 온화하고 인내심이 강한 기질을 상징한다. 교화는 철쭉이며 상징하는 동물은 소로서 끈기와 정직 그리고 순박함과 온순한 혜화인을 상징하고 있다.
2010년 3월 2일 유치부 1학급, 순회반 4학급, 초등부 7학급, 중학부 4학급, 고등부 4학급, 전공과 2학급, 총 22학급으로 편성되어 있다. 학생 수는 남학생이 61명, 여학생이 50명으로 총 111명이며, 교직원은 75명이다.