1912년 3월 8일 해미공립보통학교로 설립 인가를 받았으며, 같은 해 5월 10일에 학생 33명을 입학시켜 개교하였다. 1940년 1월 1일 해미공립국민학교로 개칭되었다. 1975년 5월 1일 해미읍성 정화사업으로 인해 신축 교사로 이전하였다. 이후 1996년 3월 1일 해미초등학교로 개칭하였다. 2003년 3월 1일 19학급을 편제하였으나 계속 학생·학급 수가 줄어들어 2010년 3월 1일에는 13학급으로 편제되어 있다.
교훈은 ‘열심히 배우고 바르게 행하자’이며, 교목은 은행나무, 교화는 장미이다. 교육목표는 ‘몸과 마음이 조화를 이루고 개성을 추구하는 학생, 기초와 기본을 토대로 창의력을 발휘하는 학생, 폭넓은 교양을 바탕으로 진로를 개척하는 학생, 전통 문화 위에 새로운 가치를 창조하는 학생, 민주시민 의식으로 공동체의 발전에 봉사하는 학생’을 양성하는 것이다.
1998년 12월 23일 학교경영 우수학교로 선정되어 교육부장관상을 수상하였으며, 1999년 12월 30일 교육계획 우수학교로 선정되어 교육부장관상을 받았다. 2002년 7월 18일 학교경영 우수학교로 충남교육감상을 수상하였다. 한편 2003년에는 정보화 모델학교, 도서관 활성화학교로 지정되기도 하였다.
2010년 현재 도움반(특수학급) 1학급을 포함하여 13개의 학급이 개설되어 있으며, 남학생 197명과 여학생 154명 등 총 351명의 학생이 재학하고 있다. 본교에 병설유치원 1학급이 개설되어 있어서 남·여 각각 10명씩 총 20명의 유치원생이 재원 중이다. 본교의 교직원은 교원 22명과 행정직원 6명 등 총 28명이 재직 중이다. 2010년 2월 11일에 제96회 졸업식을 거행하였으며, 지금까지 누적된 졸업자 수는 총 13,232명이다.