우리나라의 역사 유물을 수집 · 조사 · 연구하여 전시하고, 문화강좌 및 유적답사 프로그램 등을 운영함으로써 건국대학교 학생 · 동문 · 교직원 및 지역주민 · 일반 시민들이 우리나라 전통문화 및 역사에 대한 의식을 고양하고 향유하게 하는 문화기관으로 설립하였다.
1963년 3월 건국대학교의 문화기관으로 설립되어 학생 · 동문 · 교직원 · 지역주민 등의 전통문화 및 역사 교육장으로 활동하였다. 오랫동안 건국대학교 중앙도서관 일부를 박물관으로 사용하였으나 1985년 박물관 단독 건물을 신축하였다. 이 박물관 건물은 1908년 서울 종로구 낙원동에 세웠던 구 서북학회 회관(1946년에 설립된 건국대학교의 모체가 된 건물)을 이전 복원한 것으로 2003년 국가등록문화재(현, 국가등록문화유산)로 지정되었다. 1996년부터는 지역주민 등을 대상으로 박물관 문화강좌 및 유적답사 프로그램을 활발히 진행하고 있다.
유적지 발굴조사 · 국가유산 지표조사 · 건국대학교 역사자료 수집사업 등 학술 활동과, 유물의 수집 · 보존 · 상설전시 · 특별기획전시, 그리고 지역주민 등을 위한 박물관대학 문화강좌 및 유적지 답사 프로그램 등을 활발히 운영하여 대학은 물론 지역사회에서 학술 · 문화기관으로서의 역할을 다하고 있다.
총 소장품은 5,300여 점으로 그 중 중요한 유물을 1층의 설립자유품전시실과 2층의 역사유물전시실에 전시하고 있다. 중요 유물로는 1972년 국보로 지정된 「동국정운(東國正韻)」, 1968년 보물로 지정된 「율곡 이이 남매 분재기(栗谷 李珥 男妹 分財記)」, 300점의 조선시대 떡살, 각종 발굴 유물, 야외 전시장의 고려시대 석탑 등이 있다.
건국대학교 및 지역사회에서 우리나라 전통문화 및 역사에 관한 교육 · 학술 · 문화기관으로서의 역할을 통해 민족문화의 계승에 기여하고 있다.