한의학을 중심으로 성장한 대학의 특성과 전통 약령시를 지닌 지역적 특성을 살리고 지역사회의 문화를 전시하고 연구하기 위하여 1986년 9월 1일 설립하였고 전시실 등은 1995년 9월 16일 특별전 개최와 함께 개관하였다. 국내외 한의학 관련 자료 및 역사, 문화, 예술, 민속, 고고 및 인류학 분야의 자료를 발굴, 전시함으로써 교수와 학생 및 관련분야 연구자의 학술연구에 봉사하며, 이에 관련된 자료의 조사, 연구를 설립목적으로 하고 있다. 이와 함께 일반인들에 대한 문화교육 및 창의인성 함양 체험프로그램 등도 병행하고 있다.
박물관은 현재 400여 평의 면적을 보유하고 있으며, 한의학자료실과 고고역사자료실 및 한옥촌, 창의인성 체험실로 이루어져 있다. 한의학자료실에는 국내외 한약재 및 한방의료 기기, 기타 전적류 등을 전시하고 있다. 특히 70여 종의 광물약재는 국내외에서 수집한 희귀한 약재로 그 가치를 높이 평가받고 있으며, 200여 종의 한의학 의료기기 및 한의도서를 의료 기능별로 전시하여 한의학 전문가 또는 전공학생들에게는 전공자료실로, 일반인에게는 전통한의학을 이해하는데 도움을 주고 있다. 특히 한의학 관련 자료들을 채집기구, 치료기구, 조제기구, 보관 기구인 약장 및 의서 등을 기능별로 분류 전시하여 일반인들이 흥미를 갖고 볼 수 있도록 구성하였다
고고역사자료실에는 토기, 철기, 기와류, 장신구류 등 대구한의대학교박물관에서 발굴조사하였던 명포리유적 출토 유물 등 200여 점을 전시하여 다양한 유물들을 감상할 수 있다.
교육사업으로는 여름과 겨울 어린이박물관학교를 매년 개최하고 있으며, 이와 함께 초, 중, 고 학생을 대상으로 한 다양한 창의인성 체험프로그램 운영 및 일반인들에 대한 사회교육프로그램 등을 실시하고 있다.
조직은 관장 아래에 학예연구실을 두고 시설관리, 소장유물 및 유물수장고 관리, 유물구입·대여·기탁 관리와 창의인성 체험프로그램 등의 업무를 분담하고 있다.
우리나라 한의학 관련자료를 수집 및 연구하는 대표 박물관으로 국내외 관련 학회 및 기관과 활발한 교류활동을 함으로써 관련 분야 발전에 기여하고 있다.