국내·외의 옛 민속 목조각상을 수집하고 보존하며 이를 바탕으로 한 조사 및 연구를 통하여 우리의 문화유산을 지키고 발전시키고자 설립되었다. 2005년 서울시 제19호로 제1종 전문박물관으로 등록되었고 2006년 3월에 정식으로 개관하였다. 2006년 종로구 인사동에서 개관한 목인박물관은 2019년 부암동으로 이전하여 목인박물관 목석원으로 재개관하였다.
총 12,000여 점의 다양한 목인을 소장하고 있다. 상설 전시실에는 근대 및 현대에 이르기까지 상여장식용 목인 등 종교와 주술, 관혼상제, 일상생활에 쓰였던 우리나라 각종 민속 조각상들이 전시되어 있다. 또한 야외 전시장에는 800여점의 석조각들이 전시되어 있다. 6개의 실내전시장에 상여장식용 목인 등 세계 각국의 목인(木人)이 전시되어 있으며 약 3,000여 평 규모의 야외전시장에서는 한국의 문인석(文人石), 무인석(武人石), 동자석(童子石)등 자연과 함께 어우러져 있는 다채로운 석인(石人)들을 전시하고 있다.
목인’과 ‘석인’은 각 나라의 전통적인 아름다움, 특히 소박하면서도 친근한 일반 서민들의 생활정서와 조각미를 잘 보여준다. 그래서 옛 생활풍습과 토속신앙 및 복식문화 등을 이해할 수 있는 중요한 자료가 된다.