백제에 대한 체계적인 연구와 자료 수집으로 찬란했던 백제의 역사와 문화, 그들의 삶과 정치 · 사회 · 예술 등을 오늘날의 시각으로 재현 · 복원시켜 백제의 모습과 그 문화를 국내외에 소개시키고자 설립되었다. 백제 역사와 문화에 대한 자료수집, 보존, 연구, 정보제공 등의 기능을 수행하고 출토유물 전시 위주에서 탈피, 첨단 영상기법 및 전시매체를 활용하여 백제에 대한 정확한 지식을 갖게 하는 교육의 장으로서의 역할과 백제사를 다루는 종합적이고 전문적인 박물관으로서 자리 매김하고 있다.
1993년 충청남도 부여군 규암면이 백제문화권 특정지역으로 지정공고(대통령 공고 제134호)되면서 1998년부터 백제문화단지 조성공사를 시작하였다. 그리고 2001년 백제문화단지에 백제역사문화관을 착공하여 2006년 개관하였다.
전시실은 4개의 상설전시실과 백제문화단지 건립기념관, 기획전시실, 어린이체험실로 운영되고 있으며, 백제관련 500여 점의 유물과 복제품 등을 소장, 전시하고 있다.
제1전시실에서는 백제의 역사를 테마로 한성시대, 웅진시대, 사비시대, 백제부흥운동으로 나누어 전시되고 있다. 백제가 어떤 과정을 거쳐 일어나고 망했으며, 다시 나라를 세우기 위해 어떤 노력을 했는지를 보여주고 있다. 제2전시실은 백제의 문화를 테마로 백제의 성곽, 생활, 사비도성 등 백제의 삶과 문화를 보여준다. 금동대향로 극장에서는 영상과 음향을 통해 금동대향로의 사상과 조형미를 감상 할 수 있다. 제3전시실은 백제의 정신을 테마로 묘제 형식을 통해 백제인의 사후세계와 불교, 도교 등 정신세계를 보여준다. 무령왕릉, 미륵사지9층목탑을 통해 백제의 사후생활과 불교문화를 감상할 수 있다. 제4전시실 백제의 전통을 테마로 삼국문화비교, 일본 속의 백제문화 등을 통해 백제문화의 독창성과 우수성을 보여준다. 백제가 중국, 고구려와 관계를 가지면서 신라와 일본을 연결시키는 문화전파의 교량 역할을 한 내용을 보여준다.
백제문화단지 건립기념관은 ‘백제하늘아래다시서다’라는 테마 아래 백제문화단지의 착공에서 준공까지 전체건립을 기념하기 위한 전시공간으로, 건립과정 및 의의와 현장에서 공사와 관련된 수많은 공인들의 발자취와 전체 추진과정을 전시하고 있다.
교육 사업으로 수준 높은 성인문화강좌프로그램과 각종 체험프로그램이 매년 개최되고 있다. 조직은 관장 아래에 관람 지원계와 학예연구실로 구성되며 관람안내 및 시설관리, 유물 수집 및 전시업무, 수장고 관리, 해설사 육성 등의 업무를 분담하고 있다.
백제문화단지 내에 위치한 백제사 전문박물관으로 백제의 역사와 문화에 대한 전반적인 연구와 정보제공 등의 기능을 수행하고 있으며, 백제시대 중요한 유적이나 역사적 사실을 모형이나 영상으로 표현하여 일반인들이 쉽게 이해할 수 있도록 하였다.