1997년 여주군(지금의 여주시)의 역사·문화와 관련된 유물과 자료를 수집·보관·전시하고, 향토사를 조사·연구하여 교육자료로 제공함으로써 향토의식을 함양시키고 군민의 애향심을 고취시키기 위하여 설립되었다.
1997년 5월 9일 신륵사 관광지내 2개의 전시실을 갖춘 여주군향토사료관으로 개관하였고 2000년 10월 9일 문화관광부 제156호 제2종 박물관(사료관)으로 등록되었다. 2010년 4월 24일 전시실 확장공사를 완료하여 총 4개의 전시실을 갖추어 재개관하였다. 이를 계기로 제1종 전문박물관으로 승급되었으며 여주박물관으로 명칭을 변경하였다
매년 여주 관련 유물을 기증을 받거나 구입하여 정리하고 이를 바탕으로 학술도서 발간·특별기획전을 개최하고 있다. 또한 군민의 여가 문화생활 향상을 위해 학기 중에는 성인 대상 교육 프로그램을, 방학 중에는 학생 대상 교육 프로그램 운영하고 있다.
대지면적 2,600㎡, 연면적 1,349㎡, 지하 1층, 지상 3층 규모로, 전시실 4개소· 수장고 2개소·영상실·휴게소·학예연구실 등으로 구성되어 있다. 유물은 3,747점을 소장하고 있다.
여주역사실(2층)은 구석기시대부터 시작된 여주의 장구한 역사와 문화유적을 한눈에 살필 수 있는 전시공간이다. 남한강변과 점동면 흔암리 등의 선사유적, 삼국시대 매룡리 고분군과 고달사지·원향사지·신륵사 등 불교유적, 중암리 고려백자요지 등 가마터 유물과 민속유물들이 전시되어 있다.
류주현 문학전시실(1층)은 『조선총독부』, 『대원군』, 『황녀』 등 대하역사소설이라는 새로운 문학 장르를 개척한 여주 출신 류주현의 작품과 유품을 전시한 공간이다. 또한 류주현이 수집한 흥선대원군 간찰·소치 허련 병풍·자기류 등의 고미술품과 김동리·박두진·조병화 등 문인과의 교류자료를 전시하여 한국 현대문학에 한 획을 그은 류주현의 작품세계를 추억할 수 있는 전시실이다.
남한강 수석전시실(지하)에서는 김정식이 57년간 모은 여주 남한강 수석을 감상할 수 있다. 자연이 빚은 최고의 예술작품인 수석의 멋과 아름다움을 남한강 이야기와 함께 풀어놓았다. 남한강의 수석을 토대로 수석의 성지 여주 남한강의 의미와 자연의 경치를 닮은 산수경석, 사람․동물․나무가 살아 움직이는 것 같은 물형석, 세련된 무늬와 기호가 새겨진 추상석 등 수석의 신비로움과 아름다움을 살펴볼 수 있는 공간이다.
그 외 1층에 있는 기획전시실에서는 새로운 여주 관련 역사자료를 발굴하여 매년 다양한 전시를 기획하고 소개하는 공간이다. 그동안 ‘여주 중암리 가마터 발굴유물 특별전’(2005), ‘여주 근현대 행정자료 특별전’(2007), ‘여주의 문인 묵사 류주현 특별전’(2008), ‘여주 도자가마터 유물 특별전’(2009), ‘고달사지 발굴 유물 특별전’(2009), ‘세계문화유산 조선왕릉 특별전‘(2010) 등 다양한 기획전을 개최하였다.
야외전시장에는 문인석․ 연자방아 등 석조물과 이규보 문학비, 이색 시비, 류주현 문학비, 고달사지승탑 모형 등이 전시되어 있다.
제반 시설의 확충과 전시자료의 수집, 박물관 교육 프로그램의 활성화를 통해 일반인들에게 여주의 유구한 역사와 문화를 향유할 수 있는 기회를 제공하고 있다.