이순신 장군의 사당인 현충사에 충무공 관련 역사자료와 유물을 체계적으로 수집 · 보존 · 전시함으로써 충무공의 위업과 임진왜란사 등을 널리 소개하는 역사 교육 및 문화관광자원으로 국민들의 문화 향유권 신장 및 민족정체성 함양을 위해 건립되었다.
1966년부터 1974년까지 이순신의 위업을 기리고자 박정희 대통령의 지시로 성역화사업을 시행하였는데 이때 현충사 경내에 한옥 양식의 청기와 팔작지붕에 철근 콘크리트 구조의 유물관을 건립하여 30여 점의 유물을 전시하였다. 2005년에 현충사유적정비사업을 시행하였고 그 결과로 2008년부터 2011년까지 3년 동안 공사를 추진하여 충무공이순신기념관을 건립 개관하였다.
충무공이순신기념관에서는 다양한 전시, 교육, 연구사업 등을 통해 충무공 이순신 장군의 위업과 임진왜란 당시 조선 수군의 활약을 널리 소개하고 있다. 특히 청소년과 어린이들에게 이순신 장군이 성웅화된 이미지뿐 아니라 친근하게 다가설 수 있도록 다양하고 재미있는 영상물을 통해 교육하고 있다.
충무공이순신기념관은 전시관, 교육관, 사무동 등 3개동으로 구성되어 있다. 유물로는 『난중일기』(국보, 1962년 지정), 「이순신 유물 일괄」(보물, 1963년 지정), 「이순신 관련 고문서」(보물, 2008년 지정) 등 국보 9점, 보물 20점의 국가지정유산을 비롯하여 991점의 각종 자료를 소장하고 있다.
기념관동은 지하1층, 지상1층에 4개의 흙벽 건물이 맞붙어 있는 양식이며, 지상1층에는 2개의 전시실이, 지하1층에는 관람객 쉼터와 4D영상 체험실이 있다. 제1전시실(해전실)은 임진왜란 당시 조선 수군의 무기, 군선, 거북선과 일본군의 무기와 군선 등을 비교하는 17점의 유물을 전시하고 있다. 이 전시실에는 또 거북선의 건조과정과 조선 수군의 진법, 한산해전을 영상으로 보여주고 있다. 제2전시실(충무공실)은 이순신 장군의 표준영정과 일대기를 비롯해 충무공의 가족관계, 일생과 사후의 추모사업과 관련된 47점의 유물을 전시하고 있다. 이 전시실에는 특히 충무공의 대표 유물인 난중일기와 장검이 서로 마주보며 깊이 감상할 수 있도록 배치되어 있다. 관람객 쉼터에는 충무공과 관련된 전국의 사당, 유적지 등을 사진으로 소개하는 영상 패널과 관련 정보를 검색할 수 있는 키오스크가 있다. 4D 체험 영상실은 이순신 장군의 최후의 전투인 노량해전을 주제로 한 3D 영상물을 상영하며 동시에 진동, 바람, 물 등을 체험할 수 있는 의자를 갖추었다. 기본적으로 하루 5회 상영하나, 봄 · 가을의 성수기 주말과 공휴일에는 관람객의 요구에 따라 수시로 상영하고 있다. 모두 50석으로 특히 어린이와 청소년에게 인기가 높다.
교육관동은 충무공기념관에서 운영하는 각종 교육 프로그램이 진행되는 곳이다. 영상장비가 갖추어진 50석 규모의 강당이 있으며 입구에 있는 거북선(1969년 동아일보사 기증, 1/6 축소 모형)은 많은 관람객들이 사진을 찍는 배경으로 인기가 높다.
사무동에 현충사관리소 사무실이 있으며 그 옆에 129㎡ 규모의 수장고가 있다.
충무공이순신기념관은 이순신장군을 모신 대표 사당이라는 역사적 의의와 공의 진품 유물을 가장 많이 소장하고 있는 국립기관이라는 장점을 가지고 있다. 이를 바탕으로 본 기념관은 관련 지역과 대학, 군을 비롯한 다양한 기관 · 단체들의 사업에 도움을 주며 향후 각종 연구와 관련 사업의 네트워킹의 중심역할을 할 수 있을 것으로 기대한다.