1980년 동암학원으로 설립인가를 받아 1981년 동암학교가 설립되었다. 1981년 3월에 초등 3학급으로 개교식이 거행되었다. 1987년에 중학교가 그리고 2003년에는 고등학교, 2009년에는 전공과가 설립 인가를 받았으며 1998년도에는 부산동암학교로 학교명을 고쳐 현재에 이르고 있다.
교육목표는 사회적응에 필요한 지식과 기술을 습득시켜 자립 자활할 수 있는 사람 육성으로 ‘생활환경에 적응하는 사람’, ‘자립하는 사람’, ‘서로 돕고 사랑하는 사람’이다. 생활환경에 적응하는 사람이 되도록 하기 위해서 각종 체험활동과 현장학습을 강조하고 수준별 학습과 장애특성을 고려한 교육환경을 조성하고 있다. 자립하는 사람이 되도록 개별화 학습을 통한 기초학습능력과 기본생활습관 형성및 잔존능력 개발 등을 중시하는 교육활동을 하고 있다.
창의적 체험활동은 다양한 활동들로 구성되어있는데 특히 특성화동아리 부서활동은 난타부, 합창부, 수련활동부, 수영부, 회화부 등이 있어 학생들의 취미 활동에도 도움을 주고 있다.