동아일보사는 1986년 1월에 청소년 및 일반 대중을 독자로 하는 과학전문잡지, 『과학동아』 창간호를 발간하였다. 비슷한 시기에 대중잡지 발간 붐을 타고 『과학동아』 외에도 『사이언스』, 『뉴턴과학』 등이 발간되었다. 『과학동아』는 외국 잡지의 번역 기사가 아니라 직접 취재한 과학 기사를 싣는 것으로 다른 잡지와 차별화하였다.
창간호부터 사용한 안상수체의 제호는 『과학동아』의 상징이 되었다. 창간호의 주요 기사는 ‘남극대륙’, ‘스타워즈’와 창간 기념으로 조사한 ‘선진국에 크게 뒤진 기초과학’이었다. 별책부록 ‘세계를 바꿀 과학발견 24’를 포함한 창간호의 정가는 3,300원이었다.
『과학동아』는 1996년부터 가습기, 정수기의 원리 등 생활과 밀접한 과학까지 다루면서 폭넓은 독자층을 만들 수 있었다. 덕분에 많은 정기구독자를 확보하였고 판매부수가 늘어났으며, 적자에서 흑자로 돌아서면서 잡지 발간 환경이 안정되었다. 이는 경영상의 큰 어려움을 겪지 않고 IMF 외환위기를 넘길 수 있는 힘이 되었다.
2000년에 동아일보 출판국 과학동아부가 동아사이언스로 독립하였다. 동아사이언스는 2005년에 『어린이과학동아』, 2009년에 『수학동아』를 차례로 창간하면서 잡지를 통한 과학 대중화를 이끌었다. 동시에 오프라인에서 강연, 체험 등 다양한 과학문화 사업을 진행해 잡지 독자들에게 과학 체험의 기회를 제공하였다. 과학동아는 2013년 2월 문화체육관광부의 우수콘텐츠 잡지로 선정되었다.
『과학동아』는 과학 저널리즘이 성장하는 데도 역할을 하였으며, 많은 과학 전문기자를 배출하였다. 또한 글을 잘 쓰고 과학 대중화에 관심이 많은 필자들이 『과학동아』 기고를 통해 과학 저술가가 되었다.
그러나 디지털미디어 시대가 되면서 종이책 『과학동아』의 판매가 어려움을 겪기 시작하였다. 동아사이언스는 『과학동아』 등 잡지로 확보한 우수 콘텐츠와 독자층을 기반으로 오프라인 과학문화사업, 디지털 콘텐츠 사업으로 영역을 확장하고 있다.
『과학동아』 2019년 4월호는 통권 400호다. 이를 기념하여 『과학동아』의 주요 기사 50편을 선정하여 수록한 단행본 『과학동아 400: 과학기술이슈 50』이 출간되었다.