특별검사제도는 특정 범죄 사건에 관하여 통상의 수사기관에 의하여서는 공정한 수사가 행해지기 어렵다고 판단될 때 독립적인 지위를 부여받는 특별검사를 임명하여 수사하도록 하는 제도이다. 특별검사를 임명할 때는 특별검사의 임명과 직무권한 등 필요한 사항을 규율하는 개별 법률이 따로 제정되었다. 우리나라에서는 1999년 이래 10여 차례 특별검사가 임명되었으며, 제도의 필요성이나 공과에 대한 평가는 다르다. 특별검사제도가 앞으로도 계속 운용될 것인지는 기존 검찰 조직의 신뢰 확보 노력 여하에 달린 문제라는 평가도 있다.