마니산사고는 실록을 비롯한 국가 주요 사적을 보관하던 강화도의 외사고(外史庫)이다. 임진왜란 이후 새롭게 제작된 실록을 보관하기 위해 4곳의 외사고 설치가 추진됨에 따라 강화도 마니산 기슭에 사고가 신설되어 실록의 원본을 보관하였던 것으로 설명되어 왔다. 다만, 최근의 연구를 통해 마니산사고의 존재를 뒷받침하는 근거가 부실하다는 사실이 지적됨에 따라, 정족산사고가 설치되기 이전까지 강화도의 사고는 강화부 내에 설치되어 있었다는 학설이 제시되었다.