1439년(세종 21) 전주사고(全州史庫)가 설치되었으며 임진왜란 때 손홍록(孫弘祿) · 안의(安義) 등이 태조의 어용과 전주사고의 전적(典籍)을 내장산으로 옮겨 보존하다가 다시 묘향산(妙香山)으로 옮겼다. 현존하는 조선왕조실록이 바로 전주사고본이다. 1589년(선조 22)에는 정여립(鄭汝立) 모반사건이 일어났다. 임진왜란 때 이복남(李福南) · 황박(黃僕) · 정담(鄭湛) 등이 웅치(熊峙)에서, 권율(權慄) · 황진(黃進) · 공시억(孔時億) 등이 이치(梨峙)에서, 경상도에서 전라도지방으로 넘어오는 왜군을 맞아 싸워 물리쳤다. 그러나 정유재란 때에는 왜군이 전주부성에 입성하여 경기전 등을 파괴하였다. 병자호란 때에는 여산에 의병청(義兵廳)이 설치되었으며, 당시 전라감사였던 이시방(李時昉)은 호소사(號召使) 정홍명(鄭弘溟)...