고려 말 과전법이 성립하는 과정에서 국가는 군사 목적의 지출을 충당하기 위한 명목으로 군자전을 설정하고, 이를 군자감(軍資監)에 소속시켰다. 이것을 군자시전(軍資寺田) 또는 군자위전(軍資位田)이라고도 하였으며, 중앙의 군자감창(軍資監倉)에 소속된 수조지를 군자감창 위전(位田), 지방의 군자 창고에 유치된 군자전을 외군자전(外軍資田) 또는 외군자 위전이라고도 하였다.
고려 말~조선 초의 국가 재정은 국가가 세금을 일원적으로 관리하는 방식이 아니라 국가가 세원으로 파악한 토지를 지출이 필요한 항목에 따라 미리 나누고 각 관서에 토지를 직접 배분하는 방식으로 운영되었다. 이렇게 특정 관서에 직접 배분된 토지를 위전(位田)이라고 한다.
과전법에서는 국가의 재정 지출 가운데 군자의 용도를 매우 중요하게 생각하여 약 20만 결 규모의 토지를 책정하였는데, 이는 국가 지출처 가운데 가장 큰 비중을 차지하였다. 그러나 각종 용도의 토지 재원을 모두 마련할 수 없었기 때문에 실제 군자전으로 확보하여 군자감에 귀속된 토지는 조선 초기 약 10만 결 규모였다. 국가는 동서(東序) 양계(兩界)의 토지를 모두 군자전으로 확보하며, 새로 파악하는 토지는 모두 군자전으로 편입한다는 원칙을 세웠다. 또한 사원전(寺院田)을 축소해 군자전으로 돌리고 혁파된 관청의 토지나 규정을 초과한 토지 등을 모두 군자전으로 소속시키는 등의 방법을 통해 군자전을 확충하기 위해 지속적으로 노력하였다.
군자감은 전국 각지에 군자전으로 설정된 토지에 군자감원을 파견하여 군자전을 경작하는 농민으로부터 세(稅)를 수취하였다. 군자전은 민전 위에 설치된, 일반적인 국가 수조지로 다른 경우와 마찬가지로 1/10로 정해진 전세를 수취하는 토지였다. 그러나 군자감에서 수취의 모든 과정을 관할하였던 것은 아니며, 각 지역의 수령과 향리가 경작 농민들로부터 군자전의 세를 수취한 뒤 일부는 지방에 남기고 나머지는 서울로 상납하였다.
군자전에서 거둔 재원의 지출처 중에서 가장 비중이 큰 것은 군대를 위한 군량의 확보였으며, 농민에 대한 진휼곡으로 지출하는 것도 큰 비중을 차지했다. 그 밖에 요동에 주둔한 명군(明軍)의 군량으로 지출한다거나 여진인이나 일본인들에게 식량을 원조하거나 포상하는 등 외교 목적의 지출도 군자전에서 마련하였다. 또한 군자전은 국가의 예비 재원으로서의 성격도 가지고 있었다. 각 관서에 분급된 수조지는 관서의 설치나 혁파, 통폐합 등의 사정으로 인해 변화하는데, 국가는 항상 군자전을 매개로 수조지의 분급을 효율적으로 관리하였다. 관청이나 토지의 지목이 혁파될 경우 해당 토지는 일단 군자전으로 편입되었다가 이후 다른 관서가 설립되거나 토지를 추가로 지급할 필요가 있을 경우 군자전으로부터 해당 토지를 마련하여 지급하였다.
1445년(세종 27) 국가 재정을 일원적으로 운용하는 국용전제(國用田制)가 실시되면서 군자전의 효용성이 점차 축소되었으며, 성종대 이후 군자전이 별도로 설정된 기록이 나타나지 않는다.