본관은 대구(大丘). 자는 진지(鎭之), 호는 춘헌(春軒). 서거광(徐居廣)의 증손으로, 할아버지는 사헌부장령(司憲府掌令) 서팽소(徐彭召)이고, 아버지는 예조참의 서고(徐固)이며, 어머니는 안사금(安嗣金)의 딸이다. 이황(李滉)의 문인이다.
1555년(명종 10) 진사가 되고 1560년 별시 문과에 병과로 급제, 예조상훈(禮曹常訓)에 오른 뒤 함경도도사를 거쳐 사예(司藝)에 이르렀다. 어려서부터 학문에 힘써 박학하여 문장에 능하였으며, 특히 수만 언의 상소문을 써 시폐(時弊: 당시의 폐단)를 고칠 것을 주장하였고, 또한 아첨하는 신하를 처단하라고 청한 강직한 선비였다.