본관은 동래(東萊). 자는 연부(淵夫). 호는 동곡(東谷). 정걸(鄭傑)의 증손으로, 할아버지는 정홍손(鄭洪孫)이고, 아버지는 예조좌랑 정진(鄭振)이며, 어머니는 양천허씨(陽川許氏)로 허확(許確)의 딸이다. 우의정 정언신(鄭彦信)의 형이다.
1554년(명종 9)인정전(仁政殿) 정시(庭試)에서 으뜸을 차지하여 직부전시(直赴殿試)의 자격을 받았고, 1558년 식년문과에 병과로 급제하였다. 1561년 전적을 시작으로 형조좌랑·정언·지평을 거쳐, 선조 때에 교리·의주목사·승지·대사헌·대사간을 역임하였으며, 1589년(선조 22)에는 이조참판에 올랐다.
『명종실록』편찬시에는 교리에 있으면서 기주관으로 활약하였고, 승지 때에는 이이(李珥)와 군자가 이름을 구하는 것에 대하여 논란을 펴기도 하였다. 그런데 그가 승지가 되었을 때 사헌부에서는 평소에 명망이 적어 그 직에 마땅하지 않음을 아뢰고 있었다.
그러다 정여립(鄭汝立)의 역모사건이 일어나자 무고로 역적과 친족으로 교분이 두터웠던 인사로 지목되었으며, 양사의 탄핵으로 언신은 중도부처(中途付處)되고, 언지는 강계로 귀양에 처하여졌다. 그러나 임진왜란이 일어나자, 왕은 영남인 권유(權愉)의 반대상소에도 불구하고 1594년 그를 한성부좌윤으로 임명하여 복관시켰다.