대한민국 헌법과 법률, 그리고 국군조직법에 의하면 국방기구와 조직상 대통령이 국군의 최고통수권자이며, 국군통수 상 필요한 명령을 발할 권한을 보유하고 있다. 대통령은 법률에 규정한 통수범위 내에서 최고국방위원회와 그 소속 중앙정보국, 국방자원관리위원회, 그리고 군사참의원 등을 설치할 수 있었다.
최초 국군의 통수권은 대한민국 정부수립 직후 미 군정사령관 하지 중장으로부터 대한민국 이승만 대통령에게 이양 1948년 8월 24일 조인된 한·미 군사협정은 헌법상 대통령이자 한국군의 총사령관인 이승만 대통령과 주한미군사령관 하지 육군중장이 서명함으로서 이루어진 것이었다. 군사협정의 중요한 골자는 대한민국과 미 주둔군의 공동안전보장을 위한 한국의 국방·군비(경찰, 통위부, 해안경비대) 통솔권과 통수권을 점진적으로 이양한다는 것과 통위부와 해안경비대의 훈련과 장비에 관련해서 미국이 한국정부를 계속 원조한다는 내용 등을 규정한 것이었다.
한·미 군사협정 제1장 총칙에는 육·해군을 포함한 국방기관의 조직과 편성을 정하여 군정, 군령의 유기적이고 체계 있는 국방기능의 수행을 목적으로 한다고 밝히고 있다. 이러한 국방기관은 대통령이 국군의 최고통수권자임을 분명하게 명시하였다. 그 내용은 국방부장관이 군정을 장리하는 외에 군령에 관하여 대통령이 부여하는 직무를 수행하고, 국방부차관은 국방부장관을 보좌하고 국방부장관이 사고가 있을 때에는 그 직무를 대리하도록 하였다. 국군참모총장과 참모차장은 국군 현역장교 중에서 국무회의 의결을 거쳐서 대통령이 임면하였다. 국군참모총장은 국군의 현역 최고 장교로서 대통령 또는 국방부장관의 지시를 받아 국방 및 용병 등에 관하여 육·해군을 지휘통할 하였다. 국군참모차장은 국군참모총장을 보좌하며 참모총장이 사고가 있을 시에는 그 직무를 대리하였다.
국방기구의 편성에 이어서 1948년 12월 7일 국방부직제령이 대통령령 제37호로 공포되어 국방부 본부와 육군본부 및 해군본부의 편제를 규정하였다. 국방부직제령에 의하면, 국방부 본부에 비서실, 제1국(군무국), 제2국(정훈국), 제3국(관리국), 제4국(정보국), 그리고 별도로 항공국을 두었다. 그러나 국방부의 기구편성은 1949년 5월 9일 기구간소화 작업으로 국군참모총장제와 연합참모회의가 폐지됨으로써 국방부 장관으로부터 육·해군 총참모장으로 직접 연결되는 군령체제로 바뀌게 되었다.
1948년 9월 1일 조선경비대와 조선해안경비대는 국군으로 편입되었고, 9월 5일 조선경비대는 육군으로 조선해안경비대는 해군으로 각각 개칭되었다. 12월 7일 국방부 직제령에 따라 조선경비대총사령부는 그 명칭을 육군총사령부로 개칭하였다. 육군총사령부에는 예하 부대로 보병 5개 사단(15개 연대)과 지원부대가 편성되었고, 병력은 장교 1,403명, 사병 49,087명 총 50,490명이었다.
육군총사령부육군총사령부는 다시 12월 15일 육군본부로 그 명칭이 개칭되었으며, 육군총사령관 또한 육군총참모장으로 부르게 되었다. 육군본부에는 육군총참모장(초대 이응준 육군준장)과 참모부장 정일권 밑에 인사국, 정보국, 작전교육국, 군수국의 일반참모부와 호국군, 그리고 고급부관실, 감찰, 법무, 헌병, 재무, 포병, 공병, 병기, 병참, 의무의 각 감실이 설치되었다.
한미 군사협정이 체결된 이후 대한민국 헌법과 법률에 의하여 대한민국 대통령이 국군의 최고통수권자가 되었으며, 국군통수 상 필요한 명령을 발할 권한을 갖게 되었다. 이에 따라 대통령은 국방정책을 효과적으로 체계적으로 추진하고 할 수 있는 기반을 갖게 되었다.