전라남도 여수시 동산동에 있는 사립중학교이다. 1947년 8월 1일 여수공학원으로 설립 인가를 받았으나, 1948년 1월 20일 여순사건으로 휴교하였다가 1948년 11월 15일 개교하였다. 1949년 9월 12일 본관 4교실을 신축하였다. 1950년 7월 23일 한국전쟁으로 휴교하였다가 그해 11월 1일에 개교하였다. 1951년 9월 1일 여수종고중학교로 교명을 변경하였고 1952년 3월 25일에 제1회 졸업생을 배출하였다. 1960년 2월 22일 1학급 증설 인가를 받았으며, 1965년 6월 19일에는 4교실을 더 신축하였다. 1973년 2월 12일 무시험으로 2학급이 배정되었고, 1988년 5월 10일에는 복싱부가 창단되었다.
교훈은 ‘창조와 개척’이고, 교화는 의지·봉사를 의미하는 ‘철쭉’, 교목은 지조와 품성을 뜻하는 ‘은목서’, 교색은 평화를 뜻하는 녹색이다. 교육목표는 부모님께 효도하고 애국애족하는 사람, 꾸준히 배워서 바르게 실천하는 사람, 질서를 존중하고 서로 협동하는 사람, 소질을 계발하고 능력을 신장하는 사람, 체력을 단련하며 심신이 건전한 사람을 육성하는 것이다. 본교 학교축제로서 ‘종고축전’을 매년 개최하고 있다.
본교 복싱부는 소년체육대회, 전국 아마추어 복싱대회 등에서 다수 입상하였다. 한편 2009년 한국수학올림피아드, 한국화학올림피아드, 한국물리올림피아드, 한국생물올림피아드 등에서 수상한 실적이 있다.
본교는 현재 1학년 7학급 238명, 2학년 8학급 264명, 3학년 8학급 271명 등 총 23학급 973명이 재학 중이며, 교원 41명이 재직 중에 있다(40명의 정규교원과 1명의 비정규 원어민 강사). 2010년 2월 현재 총 1만 4,546명의 졸업생을 배출하였다.