연합국 최고사령부(SCAP: Supreme Commander of the Allied Powers, GHQ: General Headquarters, 일본어 명칭: 聯合國軍最高司令官總司令部)는 일본이 태평양전쟁에서 패전한 이후 1945년 10월 2일부터 샌프란시스코 강화조약 발효(1952.4.28) 때까지 6년 반 동안 일본에 있었던 연합국 사령부이다.
초기에는 미국이 단독으로 일본을 점령·통치했으나 1946년 2월 26일 11개국으로 구성된 극동위원회가 발족한 이후 이 위원회가 일본관리에 대한 기본정책을 결정했다.
연합국 최고사령부는 부관부, G·1(인사), G·2(정보), G·3(작전), G·4(군수) 등 일반 참모부와 민정국, 경제과학국, 법무국, 천연자원국, 민간정보교육국, 민간운수국, 일반회계국 등 점령과 관련된 전문부서로 구성되었다. 군사문제에 관해서는 미 합동참모본부의 통제를, 일반 민정 문제에 관해서는 미 국무부의 지시를 받았다.
1948년 8월 대한민국 정부 수립 이전까지 미군정의 점령지 정책 결정 구조는 다음과 같다. 미국 정부 내 삼성조정위원회(SWNCC) 산하의 극동소위원회에서 수립된 기본정책이 삼성조정위원회의 심의·결정 과정을 거쳐 국무성에 전달되면, 국무성이 이를 대통령에게 보고하고, 대통령의 지시를 받은 연합군 사령부가 주한 미군정청에 하달하는 방식이었다. 현실적으로 군정청의 행정은 현지 주둔군 사령관(하지 중장)과 미 태평양사령관(맥아더 원수)의 재량권이 클 수밖에 없었다.
최고사령관 맥아더의 관할권은 필리핀과 일본, 그리고 한국과 대만을 포괄하고 있었다. 한국에 관한 지침과 정책, 정보 수집은 참모장 아래 일반참모부가 주도했고 부참모장 휘하의 각 국을 통해 실질적인 영향력을 행사하였다.