스트로마톨라이트(stromatolite)는 남조세균(藍藻細菌)에 의해 만들어진 생물 기원의 퇴적 구조로 선캄브리아기 이래 생물의 층서연구에 매우 중요한 화석이다.
스트로마톨라이트의 형태, 산출환경, 구성생물, 형성시기는 매우 다양하다. 형성 환경은 주로 해수나 담수 등 물이 풍부한 곳이다. 스트로마톨라이트는 초기 지구 생명체의 기원에 대한 증거들을 제공하고 초기 지구의 형성과정에 대한 해답을 제시한다. 또한 박테리아 및 미세조류(微細藻類: 식물플랑크톤으로 자연계의 먹이사슬에서 최하위에 위치하여 광합성을 통해 유기물을 생산하는 독립영양생물)의 진화과정을 밝히는데 큰 도움이 된다.
남한에서 선캄브리아기의 스트로마톨라이트는 소청도의 석회암 내에서만 발견되고 있다. 또한 소청도 스트로마톨라이트는 국내 최초로 박테리아 화석이 보고되어 국내에서는 가장 오래된 화석으로 평가되고 있다. 형성 시기는 약 6∼10억 년 전인 원생대 후기로 추정된다. 한편 북한에서는 평양 부근 등 보다 많은 지역에서 산출되고 있어 상대적으로 남한 지역에서의 선캄브리아기의 스트로마톨라이트 연구는 아직 제한적이다.
소청도의 스트로마톨라이트가 발달한 석회암은 일제강점기에서부터 수십 년 전까지 건축 재료로 많이 채석되었다. 따라서 남아 있는 양이 적을 뿐만 아니라 그 모양도 아름다워 무단채취의 위험성이 높아 천연기념물로 지정하여 보존하고 있다. 또한 군사지역이라는 특수성으로 인해 아직 조사가 덜 진행된 상태이다.
분바위는 백색의 결정질 석회암 대리석이 노출된 것으로 형성 이후 해식작용을 받아 현재 경관으로 남게 되었는데, 주변과 어우러져 수려한 경관을 형성하고 있다. 야간에도 밝게 보여서 등대가 없던 시절에는 등대의 역할을 했다고 한다.