2001년 부산광역시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 높이 110㎝, 무릎 너비 56㎝. 내원정사 주지실에 봉안된 목조관음보살좌상으로 불상 내부에서 발원문, 묘법연화경, 수구다라니 등이 발견되었으며 조성 발원문을 통해 1730년 경상남도 고성 운흥사에서 의겸(義謙)을 비롯한 행종(幸宗), 채인(採仁)에 의해 조성되었음을 알 수 있다.
독존상의 목조관음보살좌상은 경상남도 고성 운흥사에서 제작되었는데 발원문에는 18세기 불화승(佛畵僧)으로 이름을 떨쳤던 의겸이 수조각승으로 등장하여 매우 이례적이다. 의겸은 청곡사 영산회괘불탱(1722년. 국보, 1997년 지정), 안국사 영산회괘불탱(1728년. 보물, 1997년 지정), 운흥사 괘불탱(1730년. 보물, 2001년 지정) 등의 대작을 비롯하여 여수 흥국사의 영산회상도와 관음보살도(1723년), 고성 운흥사의 관음보살도와 삼세불도 및 감로도(1730년), 구례 화엄사 노사나불도(1757년) 등 많은 불화를 남긴 인물이다. 그러나 불상 제작은 내원정사 불상이 유일하며 1740년 대구 파계사 건칠관음보살좌상의 중수에도 참여하였다. 차화승으로 등장하는 행종과 채인 역시 불화를 그리던 화원이며 의겸과 함께 많은 작품들을 남겼다.
내원정사 목조관음보살좌상은 마치 회화를 보는 듯 유려한 옷주름이 돋보이는 작품으로 고개를 아래로 향한 채 윤왕좌를 취해 편한 자세로 앉아 있다. 등신대의 규격에 넓은 어깨와 상반신이 긴 신체는 장대하고, 머리에는 짧은 백의를 쓰고 오른손에는 정병을 들었다. 장방형의 얼굴은 턱 선이 둥글고 눈꼬리가 올라간 작은 눈, 콧등이 둥근 긴 코, 살짝 올라간 작은 입술을 표현하여 부드럽고 자비로운 인상이다.
착의법은 양어깨 위로 대의를 걸친 통견식으로 몸의 움직임에 따라 옷주름이 부드러운 곡선으로 유려하게 주름 잡혔으며 가슴 아래 승각기나 상현좌처럼 대좌 위까지 넓게 드리운 군의 역시 잔주름을 세세하게 표현하여 같은 시기 조각과는 차별화된 특징을 보인다. 윤왕좌의 자세나 옷의 주름 표현은 의겸이 그린 여수 흥국사 관음보살도(1723년)나 운흥사 관음보살도(1730년)와 비교된다. 특히 운흥사 관음보살도는 목조관음보살상과 같은 해, 같은 사찰에서 조성된 작품으로 같은 전각에 조각과 그림을 함께 안치했던 것으로 추정된다. 또한 뒷면이 좌우로 갈라진 짧은 두건과 조밀한 잔주름의 군의 표현 등은 명 말의 화가 정운붕(鄭蕓鵬, 1547~1628)의 판화집인 『관음화보(觀音畵譜)』 중의 관음도와 유사하여 의겸의 출초 과정에 영향을 주었을 것으로 보인다.
내원정사 목조관음보살좌상은 건장한 신체, 짧은 두건을 쓴 모습, 잔주름을 세밀하게 표현한 옷주름, 섬세한 손가락 등 마치 회화를 조각으로 옮긴 듯한 작품으로 18세기의 대표적인 관음보살상 가운데 하나이다. 불화승인 의겸이 조각으로 남긴 유일한 작품인 점에서 중요하며 18세기 이후 화승과 조각승과의 연관 관계 같은 역할 연구에 중요한 자료로 평가된다.